这是python'forestatrisk'包

forestatrisk的Python项目详细描述


forestatrisk python包

估计热带国家毁林的风险

forestatrisk是一个用于估计空间 热带地区毁林的可能性取决于 空间环境变量。

空间环境变量可由地形导出 (海拔、坡度和坡向)、可达性(到道路的距离, 城镇和森林边缘),森林砍伐历史(与以前的距离 森林砍伐)或景观管理(位于保护区内) 例如。

采样

函数.sample()允许对观测点进行随机采样 考虑到历史上的森林砍伐地图。取样是平衡的 考虑到 一段给定的时间。函数还从 每个采样点的环境变量。取样完成 按块计算,以便在大的研究区域(如国家)进行计算 或大陆尺度)具有高空间分辨率(例如30m)。

建模

函数.model_binomial_iCAR()可用于拟合森林砍伐 根据数据建模。线性二项logistic回归模型是 用于估计毁林模型的参数。模型 包括一个内在条件自回归(icar)过程 解释观测值的空间自相关 (Vieilledent等人2014年)。参数推断在 分层贝叶斯框架。函数调用gibbs采样器 用纯c代码编写metropolis算法 计算时间。

预测

函数.predict()允许预测毁林概率 在整个研究区域使用森林砍伐模型 .model()函数。预测是按块进行的,以允许 大型研究区域(如国家或大陆范围)的计算 具有高空间分辨率(例如30m)。

函数.deforest()基于 森林砍伐概率栅格(从1到65535) 从功能.predict()和一个区域(在 公顷)被砍伐。

教程

我们使用jupyter/ipython笔记本编写了一个教程,演示如何 使用forestatriskpython包。我们以马达加斯加为例 研究考虑到2000-2010年期间过去的森林砍伐, 估计2010年毁林的可能性,并预测 2050年的未来森林覆盖率。笔记本在 以下网址:https://ecology.ghislainv.fr/forestatrisk

参考

Vieilledent G.,C.Merow,J.Gu_ A.E.Gelfand,A.M.Wilson,F.Mortier和J.A.Silander Jr.2014年。层次贝叶斯物种的hsdm cran版本v1.4 分销模式。zenodo。 doi:10.5281/zenodo.48470

安装

安装forestatriskpython包的最简单方法是通过pip

~$ sudo pip install --upgrade https://github.com/ghislainv/forestatrisk/archive/master.zip

但您也可以通过执行setup.py文件来安装它:

~$ git clone https://github.com/ghislainv/forestatrisk
~$ cd forestatrisk
~/forestatrisk$ sudo python setup.py install

马达加斯加今年毁林概率图 2010年通过forestatrisk获得。深红色:高概率 森林砍伐,深绿色:森林砍伐的低概率。

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