fluxpyt 0.1.5

流动性

这个软件包是用来进行固定的13C代谢通量分析的 估计细胞内流量分布的计算。 fluxpyt是用python3写的。水蟒包裹清单见 requirements.txt文件。

该软件包是作为Desai Trunil Shamrao博士工作的一部分开发的：

生物燃料系统生物学组 组长，Shireesh Srivastava博士 国际基因工程和生物技术中心（ICGEB） 阿鲁纳·阿萨夫·阿里·马尔格， 新德里。

致谢

特鲁尼博士奖学金由科学委员会资助。 以及工业研究。 该项目由生物技术部（DBT）资助

作者特别感谢艾哈迈德来这里讨论问题和 帮我除掉一些虫子。

安装（适用于Windows）：

这些说明是为不熟悉python编程的windows用户编写的。

下载并安装anaconda发行版（本教程使用3.4.4.0版）。

打开anaconda命令提示符。 单击Windows开始按钮。 键入“anaconda”。将显示打开anaconda命令promt的链接。

键入以下命令在anaconda中创建用于运行fluxpyt的新环境：

conda create -n fluxpyt_env python=3.6.1 numpy=1.12.1 scipy=0.19.0 sympy=1.0

activate fluxpyt_env

conda install -c conda-forge lmfit

conda install -c sjpfenninger glpk

conda install csvkit=0.9.1

conda install matplotlib=2.0.2

conda install pandas=0.20.1

conda install spyder

pip install fluxpyt

版本0.1.4

-已清除代码，基本上遵循PEP8指南。

0.1.5版

-每个反应的下界和上界可以由用户指定。注：用户定义的边界仅在影响自由通量边界时才会影响最终解。 -自由通量参数的初始值通过对每个自由通量执行通量变化来逐个选择OME，同时考虑到之前为其他自由通量选择的值。

版本0.1.4

-小改动

0.1.3版

-在readme.rst中更改了安装方向

版本0.1.2

-在readme.rst中更改了安装方向

版本0.1.1

-pyscaffold创建的项目设置。

-使用sphinx生成的文档

0.1版

-初始版本

注

此项目是使用PyScaffold 2.5.8建立的。详细信息和用法 有关pyscaffold的信息，请参见http://pyscaffold.readthedocs.org/。