firecloud api绑定和fiss cli
firecloud的Python项目详细描述
一、二、二、三、三、三、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、四、六、六、六、六、六、六、六、六、六、一。说明
=============================================================
>fi s s（fi）fis--（fi）recloud（s）s ervice（s）elector（s）elector（br/>
======================================================================垃圾箱用于
命令行的dings。通过以这种方式包装firecloud restful api，我们的
希望能够提供一个与大多数
预期的fc用户产生更紧密共鸣的接口，支持他们熟悉的meme中的fc交互，就像生物医学研究人员和信息学家，而不是数据库或web程序员
与传统的fi s一样，fisfc的目标是：
s手动等
编程可用于分析脚本、unix cli、cron作业等
可在工作区、实体集、
工作流甚至项目域中轻松重复命令
使用简单无需学习fc internal抽象，或者直接到restful接口（例如curl中）的代码
需要发展援助）来自作者！
可移植的python 2和3实现，unix shell
idiomatic允许firecloud与unix的强大功能结合在一起
自我记录（几乎！）除了--help标志外，当大多数方法在没有参数的情况下调用时，都会为它们提供usage
语句；-f标志可以显示任何方法的主体
，-l标志列出所有可用的方法
https:。//software.broadinstitute.org/firecloud/
https://github.com/broadinstitute/fiss
===================================br/>2.内容
============================================
1。说明
2.内容
3.要求
4.unix命令行
5.低电平接口
6.高级接口
7.用户配置要求
========================================
通过pip安装这个包：
%pip安装firecloud
或者下载源并用setup安装。py:
%python setup.py install
fiss依赖于几个额外的python software包，如
setup.py中所列；通常整个安装过程（包括加载
包）只需几分钟。
**注意：FireCloud使用TLSV1.2加密所有Web流量。有些版本的
python无法正常工作，必须使用openssl
v1.02或更高版本重新编译。如果再编译不是一个选项，那么在Docker Hub（https://hub.docker.com/r/broadgdac/fiss/）
（https://hub.docker.docker.com/r/broadgdac/broadgdac/fiss/）
%docker拉broadgdac/fiss
==============================================================================
4.Unix命令行接口
====================================================
=>安装后，您的"fisfc"可执行文件应该可以在
$path中找到。键入"fisfc--help"以获取有关如何在Unix设置中使用此实用程序的详细信息。
请注意，如果在Google虚拟机上运行，则以未经授权的用户（即非sudo）身份执行"pip install"将导致将包安装到名为$home/.local的目录中，因此您需要确保$home/.local/bin
位于您的$path中（例如，通过在bash登录脚本中设置它），以便可以找到
fisfc二进制文件。
=====================================================================＝＜BR/> 5。低层api
在firecloud的restful api和python解释器中的方法之间提供了直接的一对一映射。它还为整个api提供了诸如自动创建头、分页、
和调试设置（例如详细）等便利。要访问
低级api，只需将其导入到python解释器中：例如，导入后，您可以通过
dir（fapi）
系统：
help（fapi）
==============================================================
6。高级类
=================================
>要访问高级接口，请导入"fiss"模块，例如从firecloud import fiss
，并使用如上所示的dir（）和help（）python。
===================一、二、三、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、用户配置
====================================================
可以通过编写配置文件来定制fis的行为，
例如，为项目和工作区参数提供默认值
，这些参数对于使用firecolu的许多操作都是常见的d.这将通过允许省略--project
和--workspace标志使使用unix命令行界面变得更容易。
fiss默认情况下将在
$home/.fissconfig
enome数据分析中心（gdac）
使用类似于
[默认值]
project=broad firecloud gdac
workspace=dev
method\u ns=broadgdac
的配置文件检查运行时配置，只需发出config命令：
linux%fisfc config
debug f也可以
实体类型样本集
…
=============================================================
>fi s s（fi）fis--（fi）recloud（s）s ervice（s）elector（s）elector（br/>
======================================================================垃圾箱用于
命令行的dings。通过以这种方式包装firecloud restful api，我们的
希望能够提供一个与大多数
预期的fc用户产生更紧密共鸣的接口，支持他们熟悉的meme中的fc交互，就像生物医学研究人员和信息学家，而不是数据库或web程序员
与传统的fi s一样，fisfc的目标是：
s手动等
编程可用于分析脚本、unix cli、cron作业等
可在工作区、实体集、
工作流甚至项目域中轻松重复命令
使用简单无需学习fc internal抽象，或者直接到restful接口（例如curl中）的代码
需要发展援助）来自作者！
可移植的python 2和3实现，unix shell
idiomatic允许firecloud与unix的强大功能结合在一起
自我记录（几乎！）除了--help标志外，当大多数方法在没有参数的情况下调用时，都会为它们提供usage
语句；-f标志可以显示任何方法的主体
，-l标志列出所有可用的方法
https:。//software.broadinstitute.org/firecloud/
https://github.com/broadinstitute/fiss
===================================br/>2.内容
============================================
1。说明
2.内容
3.要求
4.unix命令行
5.低电平接口
6.高级接口
7.用户配置要求
========================================
通过pip安装这个包：
%pip安装firecloud
或者下载源并用setup安装。py:
%python setup.py install
fiss依赖于几个额外的python software包，如
setup.py中所列；通常整个安装过程（包括加载
包）只需几分钟。
**注意：FireCloud使用TLSV1.2加密所有Web流量。有些版本的
python无法正常工作，必须使用openssl
v1.02或更高版本重新编译。如果再编译不是一个选项，那么在Docker Hub（https://hub.docker.com/r/broadgdac/fiss/）
（https://hub.docker.docker.com/r/broadgdac/broadgdac/fiss/）
%docker拉broadgdac/fiss
==============================================================================
4.Unix命令行接口
====================================================
=>安装后，您的"fisfc"可执行文件应该可以在
$path中找到。键入"fisfc--help"以获取有关如何在Unix设置中使用此实用程序的详细信息。
请注意，如果在Google虚拟机上运行，则以未经授权的用户（即非sudo）身份执行"pip install"将导致将包安装到名为$home/.local的目录中，因此您需要确保$home/.local/bin
位于您的$path中（例如，通过在bash登录脚本中设置它），以便可以找到
fisfc二进制文件。
=====================================================================＝＜BR/> 5。低层api
在firecloud的restful api和python解释器中的方法之间提供了直接的一对一映射。它还为整个api提供了诸如自动创建头、分页、
和调试设置（例如详细）等便利。要访问
低级api，只需将其导入到python解释器中：例如，导入后，您可以通过
dir（fapi）
系统：
help（fapi）
==============================================================
6。高级类
=================================
>要访问高级接口，请导入"fiss"模块，例如从firecloud import fiss
，并使用如上所示的dir（）和help（）python。
===================一、二、三、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、七、用户配置
====================================================
可以通过编写配置文件来定制fis的行为，
例如，为项目和工作区参数提供默认值
，这些参数对于使用firecolu的许多操作都是常见的d.这将通过允许省略--project
和--workspace标志使使用unix命令行界面变得更容易。
fiss默认情况下将在
$home/.fissconfig
enome数据分析中心（gdac）
使用类似于
[默认值]
project=broad firecloud gdac
workspace=dev
method\u ns=broadgdac
的配置文件检查运行时配置，只需发出config命令：
linux%fisfc config
debug f也可以
实体类型样本集
…
欢迎加入QQ群-->： 979659372
