用于SBML模型管理的FBC参考文件。
fbc-curation的Python项目详细描述
fbc管理
fbc_curation：基于约束的模型的再现性 可从 https://github.com/matthiaskoenig/fbc_curation。在
这个存储库基于cobrapy和glpk为给定的FBC模型创建标准化的参考文件。这些文件可以在模型管理过程中用于验证模型行为。标准化参考文件的格式如下所述。 目前，参考文件的两个独立实现包含在包中：
- cobrapy基于COBRApy（Python中基于约束的重构和分析）可从https://github.com/opencobra/cobrapy获得
- cameo基于Cameo（Cameo计算机辅助代谢工程和优化），可从https://github.com/biosustain/cameo获得
fbc_curation是一个可以包含在python应用程序中的python包。此外，还提供了一个命令行工具，它允许在python之外方便地使用。在
文档可在https://fbc-curation.readthedocs.io上找到。 如果您有任何问题或问题，请open an issue。在
如何引证
安装
fbc_curation可从pypi和 可通过以下方式安装：
pip install fbc-curation
开发版本
最新开发版本可通过以下方式安装：
^{pr2}$或者通过克隆存储库并通过以下方式安装：
git clone https://github.com/matthiaskoenig/fbc_curation.git cd fbc_curation pip install -e .
安装以供开发使用：
pip install -e .[development]
测试
要运行测试，请克隆存储库：
git clone https://github.com/matthiaskoenig/fbc_curation.git cd fbc_curation pip install -e . pytest
许可证
- 源代码：LGPLv3
- 文档：CC BY-SA 4.0
fbc_curation源代码是在GPL和LGPL许可证版本2或 以后再说。您可以选择使用该软件的许可证。在
这个程序是自由软件：你可以重新发布和/或修改它 GNU通用公共许可证或GNU通用公共许可证的条款 由自由软件基金会发布的许可证 许可证，或（由您选择）任何更高版本。在
分发这个程序是希望它能有用，但没有任何用处 保证；甚至连适销性或适用性的默示保证都没有 特殊目的。有关更多详细信息，请参阅GNU通用公共许可证。在
资金
Matthias König得到了联邦教育和研究部（BMBF，德国）的支持 在肝脏医学研究网络系统中（LiSyM，批准号031L0054）。在
©2020马蒂亚斯•科尼格版权所有
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