快速dp：使用xds快速处理数据
fast-dp的Python项目详细描述
快速dp：使用xds进行快速数据处理
简介
fast dp是一个小型python程序，它使用xds、ccp4和cctbx来交付 数据处理结果非常快：有多快取决于 操作环境。实际上，扫描中的第一个图像是通过的 对程序来说，它的头读取，然后xds使用triclinic索引 晶格使用从一开始的小数据楔中提取的点，45 度英寸和90度英寸（或尽可能接近这个）。整合 然后使用多个核或多个核并行执行 处理器如果xds forkintegrate脚本配置正确。这个 然后使用xds缩放数据，仍然在p1中，然后使用无意义的分析。 最后是无意义分析和全局后求精结果 然后使用xds中的正确步骤选择一个点组，然后 数据将使用此点组中的xds重新缩放，并与aimless合并。
在钻石光源下，使用适当配置的 并行文件存储，对于任何 图像数。
用法
fast_dp -h
Usage: fast_dp.py [options]
Options:
-h, --help show this help message and exit
-b BEAM, --beam=BEAM Beam centre: x, y (mm)
-a ATOM, --atom=ATOM Atom type (e.g. Se)
-j NUMBER_OF_JOBS, --number-of-jobs=NUMBER_OF_JOBS
Number of jobs for integration
-k NUMBER_OF_CORES, --number-of-cores=NUMBER_OF_CORES
Number of cores for integration
-J MAXIMUM_NUMBER_OF_JOBS, --maximum-number-of-jobs=MAXIMUM_NUMBER_OF_JOBS
Maximum number of jobs for integration
-c CELL, --cell=CELL Cell constants for processing, needs spacegroup
-s SPACEGROUP, --spacegroup=SPACEGROUP
Spacegroup for scaling and merging
-1 FIRST_IMAGE, --first-image=FIRST_IMAGE
First image for processing
-N LAST_IMAGE, --last-image=LAST_IMAGE
Last image for processing
-r RESOLUTION_HIGH, --resolution-high=RESOLUTION_HIGH
High resolution limit
-R RESOLUTION_LOW, --resolution-low=RESOLUTION_LOW
Low resolution limit
传统用法，例如在笔记本电脑上，例如：
fast_dp ~/data/i04-BAG-training/th_8_2_0001.cbf
在2011 MacBook Pro上提供以下输出：
Fast_DP installed in: /Users/graeme/svn/fast_dp
Starting image: /Users/graeme/data/i04-BAG-training/th_8_2_0001.cbf
Number of jobs: 1
Number of cores: 0
Processing images: 1 -> 540
Phi range: 82.00 -> 163.00
Template: th_8_2_####.cbf
Wavelength: 0.97625
Working in: /private/tmp/fdp
All autoindexing results:
Lattice a b c alpha beta gamma
tP 57.80 57.80 150.00 90.00 90.00 90.00
oC 81.80 81.70 150.00 90.00 90.00 90.00
oP 57.80 57.80 150.00 90.00 90.00 90.00
mC 81.80 81.70 150.00 90.00 90.00 90.00
mP 57.80 57.80 150.00 90.00 90.00 90.00
aP 57.80 57.80 150.00 90.00 90.00 90.00
Mosaic spread: 0.04 < 0.06 < 0.07
Happy with sg# 89
57.80 57.80 150.00 90.00 90.00 90.00
--------------------------------------------------------------------------------
Low resolution 28.89 28.89 1.37
High resolution 1.34 5.99 1.34
Rmerge 0.062 0.024 0.420
I/sigma 13.40 44.70 1.60
Completeness 99.6 98.9 96.1
Multiplicity 5.3 5.0 2.8
Anom. Completeness 96.5 100.0 71.4
Anom. Multiplicity 2.6 3.1 1.2
Anom. Correlation 99.9 99.9 76.0
Nrefl 306284 3922 11217
Nunique 57886 786 4030
Mid-slope 1.007
dF/F 0.075
dI/sig(dI) 0.823
--------------------------------------------------------------------------------
Merging point group: P 4 2 2
Unit cell: 57.78 57.78 150.01 90.00 90.00 90.00
Processing took 00h 03m 59s (239 s) [306284 reflections]
RPS: 1277.6
主要结果是文件fast_dp.mtz包含缩放和合并 强度，aimless中用于绘制合并统计信息的日志文件 上面的信息在fast-dp.log中。
另请参见Fast RDP以重新运行更改选项的最后步骤。
如果您觉得fast-dp有用，请引用
作为
源代码和/或：
请同时引用xds、cctbx和ccp4：
< Buff行情>卡布希，W. "XDS"。 Acta Cryst。D66125-132（2010年）
格罗斯·昆斯蒂夫，R.W.，索特，N.K.，莫里亚蒂，N.W.，亚当斯，P.D. "计算晶体学工具箱：晶体学算法 在可重用的软件框架中" J. Appl。Cryst。（2002）。35126-136
依赖关系
快速DP取决于：
- ccp4
- cctbx
如果所有这些都已安装和配置，则无需进一步工作。为了 集成中的并行操作需要一个forkintegrate脚本来发送 作业到您的排队系统。
安装
您可以通过加载从pypi安装最新版本的fast_dp 您的cctbx环境，然后运行
libtbx.pip install fast_dp
并使用
libtbx.pip install --upgrade fast_dp
然后您必须运行例如
libtbx.configure libtbx
以确保所有命令行程序设置正确。
为开发人员安装
如果您是开发人员，则可以运行
libtbx.install fast_dp反之。这将在cctbx中查看fast_dp的开发副本 然后将其安装到系统中。更新您的 开发副本您将需要像往常一样更新存储库，然后 运行< /P>
libtbx.python setup.py develop
在源目录中。
编码标准
带着偏见，Fast-DP的风格指南与PEP8一致 由black实现- 安装非常简单（pip3 install black），运行 选项 即在fast_dp目录中
black .
将执行所需的操作以将格式返回到默认值，因此 diff只显示代码diff不显示任何格式 差异。这件事本不打算大发雷霆，但 毫无疑问，有一个风格指南可以帮助开发人员做出贡献。
假设
fast_dp生成的xds.inp文件作出以下假设：
- 所有的扫描都是单轴的，几乎与探测器平行 "快速"轴（多轴测角仪可以为 扫描已修复）
- 探测器在两个θ内没有偏移，即光束大约 垂直于探测器表面。
- 当前的模板包括Pilatus 2m&6m、ADSC和Rayonix CCD 探测器-可对其他探测器进行改装。
支持
fast_-dp不提供支持保证，但提供"尽最大努力"支持 将在联系科学软件时提供。用户可能是 要求在出现错误报告时提供示例数据。
致谢
Fast_-DP是在金刚石光源下开发的，其具体目的是 向用户提供有关其数据在 尽可能短的时间。但是，很明显，它在很大程度上依赖于xds 以及其固有的并联以及CCP4和CCTBX的运行，以及 没有这些快速的dp就不可能存在。
许可证
版权所有2014钻石光源
根据apache许可证2.0版（以下简称"许可证"）授权； 除非符合许可证，否则您不能使用此文件。 您可以在
http://www.apache.org/licenses/license-2.0
除非适用法律要求或书面同意，否则软件 根据许可证分发是按"原样"分发的， 无任何明示或默示的保证或条件。 有关管理权限的特定语言和 许可下的限制。
释放过程
确保您已在 历史记录。rst 文件
要准备新的Fast_-DP版本，您需要安装 bump2version ， 例如，运行
fast_dp -h
Usage: fast_dp.py [options]
Options:
-h, --help show this help message and exit
-b BEAM, --beam=BEAM Beam centre: x, y (mm)
-a ATOM, --atom=ATOM Atom type (e.g. Se)
-j NUMBER_OF_JOBS, --number-of-jobs=NUMBER_OF_JOBS
Number of jobs for integration
-k NUMBER_OF_CORES, --number-of-cores=NUMBER_OF_CORES
Number of cores for integration
-J MAXIMUM_NUMBER_OF_JOBS, --maximum-number-of-jobs=MAXIMUM_NUMBER_OF_JOBS
Maximum number of jobs for integration
-c CELL, --cell=CELL Cell constants for processing, needs spacegroup
-s SPACEGROUP, --spacegroup=SPACEGROUP
Spacegroup for scaling and merging
-1 FIRST_IMAGE, --first-image=FIRST_IMAGE
First image for processing
-N LAST_IMAGE, --last-image=LAST_IMAGE
Last image for processing
-r RESOLUTION_HIGH, --resolution-high=RESOLUTION_HIGH
High resolution limit
-R RESOLUTION_LOW, --resolution-low=RESOLUTION_LOW
Low resolution limit
0
或者在cctbx环境中使用libtbx.pip libtbx.配置 。然后可以通过以下方式进行发布：
fast_dp -h
Usage: fast_dp.py [options]
Options:
-h, --help show this help message and exit
-b BEAM, --beam=BEAM Beam centre: x, y (mm)
-a ATOM, --atom=ATOM Atom type (e.g. Se)
-j NUMBER_OF_JOBS, --number-of-jobs=NUMBER_OF_JOBS
Number of jobs for integration
-k NUMBER_OF_CORES, --number-of-cores=NUMBER_OF_CORES
Number of cores for integration
-J MAXIMUM_NUMBER_OF_JOBS, --maximum-number-of-jobs=MAXIMUM_NUMBER_OF_JOBS
Maximum number of jobs for integration
-c CELL, --cell=CELL Cell constants for processing, needs spacegroup
-s SPACEGROUP, --spacegroup=SPACEGROUP
Spacegroup for scaling and merging
-1 FIRST_IMAGE, --first-image=FIRST_IMAGE
First image for processing
-N LAST_IMAGE, --last-image=LAST_IMAGE
Last image for processing
-r RESOLUTION_HIGH, --resolution-high=RESOLUTION_HIGH
High resolution limit
-R RESOLUTION_LOW, --resolution-low=RESOLUTION_LOW
Low resolution limit
1
发布标签一旦被推到github上，travis就会拿起 它将生成一个新包并直接上传到pypi。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
