ephemeris是一个固执己见的库和一组脚本,用于管理galaxy项目插件(工具、索引数据和工作流)的引导。
ephemeris的Python项目详细描述
历史记录
0.10.3(2019-07-18)
0.10.0(2019-05-29)
- 修复文档生成和重新生成(感谢 @martenson )。 拉取请求 129
- 修正"并行测试"的默认输入错误(感谢 @martenson )。 拉取 请求127
- 包括xunit报告的一些附加统计信息(感谢 @mvdbeek )。 拉取请求126
- 优雅地处理uwsgi连接的超时(感谢 @pcm32 )。 拉取 请求123
- 更新用户名文档(应该是电子邮件)(感谢 @rdvelazquez )。 拉取请求122
- 从使用示例中删除python调用(感谢 @martenson )。 拉取请求121
- 修复too_with_panel为空时的崩溃(感谢 @jvanbraekel )。 拉取 请求120
- 并行测试工具,具有常规用户权限,不需要共享 文件系统(感谢 @mvdbeek )。 拉取请求118
- 使用最新的文档依赖项修复文档生成问题 (感谢 @rhpvorderman )。 拉取请求114
- 重构舍弃工具功能。已从中删除不推荐的选项 SHED工具命令行。 SHED工具更新现在也接受工具列表,因此Galaxy中的工具可以 有选择地更新。改进后的算法可以更快地 跳过已安装的工具,从而进行安装 在一个已经人口稠密的星系中工具的速度要快得多。 (感谢 @rhpvorderman )。 拉取请求104
- 添加 pytest ,启用覆盖率测试(感谢 @rhpvorderman )。 拉取请求105
- 在重新创建 图书馆。 (感谢 @slugger70 )。 请求103
- 执行POST时,捕获对已安装repo列表的请求失败- 棚式工具安装时旋转超时(感谢 @natefoo ). 拉取请求97
- 修复Codacy上的覆盖率报告(感谢 @rhpvorderman )。 拉取请求106
- 运行数据管理器现在输出失败作业的stderr(这要感谢 @rhpvorderman )。 拉取请求110
0.9.0(2018-05-23)
- 更新工具时更新数据管理器(感谢 @rhpvorderman )。 拉取请求78 , 问题69
- 运行数据管理器积极的并行化和重构(感谢 @rhpvorderman )。 拉取请求79
- 使导入工作流的发布可用(感谢 @pcm32 )。 拉取请求74
- 为Galaxy 18.05的更新/安装添加测试工具选项(感谢 @jmchilton )。 拉取请求81
- 上载2.0对数据库创建的支持(感谢 @jmchilton )。 请求89
- 修复了tools.yaml中的修订解析(感谢 @bgruening )。 拉取请求70
- 添加Codacy监控和徽章(感谢 @jmchilton )。 拉取请求73
- 修复项目组织文档中的拼写错误(感谢 @blankenberg )。 拉取请求86
- 修复硬编码日志路径(感谢 @rhpvorderman )。 请求85
- 修复shed tools更新argparse处理(感谢 @rhpvorderman )。 拉取请求88
- 修复一些lint问题(感谢 @jmchilton )。 拉取请求90
0.8.0(2017-12-29)
- 许多新的文档增强功能(感谢@rhpvorderman和其他人)
- 将shed install重命名为shed tools并添加一个新的–latest和–revision参数(感谢@rhpvorderman)
- 许多修复和新测试(感谢@mvdbeek)
- 运行数据管理器的并行化(感谢@rhpvorderman)
- 运行数据管理器现在使用更高级的模板来减少重复输入yaml(感谢@rhpvorderman)
- 运行数据管理器现在在运行数据管理器之前检查基因组索引是否已经存在(感谢@rhpvorderman)
- 星历表现在默认使用https而不是http(感谢@bruening)
0.7.0(2017-06-27)
- 许多新的文档增强功能(感谢@rhpvorderman、@erasche和其他人)- 文档现在发布到 https://readthedocs.org/projects/ephemeris/
- 修复与运行数据管理器相关的空列表选项的问题(感谢@rhpvorderman)。
- 使数据管理器能够使用api密钥运行(感谢@rhpvorderman)。
- 添加sleep命令以等待galaxy api可用(感谢@erasche)。
- 处理工具列表时保留键的可读顺序(感谢@drosoff)。
0.6.1(2017-04-17)
- 在Galaxy Docker Stable和各种 重构以减少代码重复和python 3修复。 36
0.6.0(2017-04-10)
- 添加用于设置数据库的新连接选项。
0.5.1(2017-04-07)
- 修复新的运行数据管理器的cli入口点。
0.5.0(2017-04-06)
0.4.0(2016-09-07)
- 在确定服务器超时时更加通用(感谢@afgane)。
- 获取工具列表入口点和改进(感谢@mvdbeek)。
- 将tool_panel_section_name重命名为tool_panel_section_label类似 Ansible Galaxy工具(感谢@nturaga)。
- 添加缺少的文件 tool\list.yaml.sample(感谢@nturaga)。
0.3.0(2016-08-26)
- 更健壮的shed安装脚本,默认情况下安装依赖项,改进日志记录 (感谢@mvdbeek)。
0.2.0(2016-08-15)
- 添加工具从Galaxy工作流文件生成工具列表 (感谢@drosoff)。
- 修复各种代码质量问题,包括添加beta支持 对于python 3(部分感谢@mvdbeek)。
0.1.0(2016-06-15)
- 安装项目,从ansible galaxy tools中拉入脚本 并将其用作库。