将数据存储到以注重成果的投资政策审查中
empiar-depositor的Python项目详细描述
用于将数据放入Electron Microscopy Public Image Archive的命令行工具。
如何使用
请遵循以下步骤：
根据example中提供的结构创建一个json文件。
使用
pip install globus-cli==1.7.0
globus可以用作单独的上载选项，或者在aspera失败时用作回退。
将empiar transfer password的环境变量设置为empiar团队为您提供的环境变量。请注意，这不是1）中的api令牌，是一个独立的密码，与注册empiar用户时创建的密码不同。
在Linux和Mac OS X上执行
exportEMPIAR_TRANSFER_PASS=<empiar_transfer_password>
在Windows上执行
setEMPIAR_TRANSFER_PASS=<empiar_transfer_password>
脚本运行方式：
empiar-depositor [-h][-a ASCP][-g GLOBUS][-f][-e ENTRY_THUMBNAIL][-r ENTRY_ID ENTRY_DIR][-i][-v] EMPIAR_TOKEN JSON_INPUT DATA
位置参数：
EMPIAR_TOKEN
empiar api令牌。联系EMPIAR团队获取。
JSON_INPUT
带有empiar deposition信息的json的位置。
DATA
要上载到empiar的数据的位置。它应该包含与json文件中指定的映像集目录相对应的目录。
可选参数：
-h,--help
显示帮助消息并退出
-a ASCP, --ascp ASCP
ASCP可执行文件的位置。默认情况下，它安装在Linux计算机上的~/.aspera/connect/bin目录中，在Mac计算机上的~/applications/aspera\connect.app/contents/resources目录中，在Windows上的C:\ users\<；username>；\appdata\local\programs\aspera\aspera connect\bin目录中。
-g GLOBUS, --globus GLOBUS
如果未指定aspera或aspera传输失败，请使用globus。要求：安装globus cli并创建端点。指定唯一用户标识符（uuid）作为输入参数。
-f,--globus-force-login
强制登录到globus。即使globus cli已经具有有效的登录凭据，也要登录。任何现有凭证都将从本地存储中删除，并被全局吊销。
-e ENTRY_THUMBNAIL, --entry-thumbnail ENTRY_THUMBNAIL
缩略图像，将代表您在电子病历页面上的沉积。最小尺寸为400 x 400，首选格式为PNG。如果未提供，则将使用相关emdb条目中的图像。
-r ENTRY_ID ENTRY_DIR, --resume ENTRY_ID ENTRY_DIR
继续Aspera上载或重新存入条目。必须成功创建条目，因为需要指定empiar条目id和条目目录。所有条目元数据都将替换为json文件中提供的元数据。Aspera传输将从停止的位置继续。
-i,--ignore-certificate
激活此标志可跳过SSL证书的验证。
-v,--version
显示程序的版本号和退出
示例：
empiar-depositor -a ~/Applications/Aspera\ Connect.app/Contents/Resources/ascp 0123456789 ~/Documents/empiar_deposition_1.json ~/Downloads/micrographs
empiar-depositor -r 10 ABC123 -e ~/Downloads/dep_thumb.png 0123456789 -g 01234567-89a-bcde-fghi-jklmnopqrstu ~/Documents/empiar_deposition_1.json ~/Downloads/micrographs
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