efmtool的Python包装器。
efmtool的Python项目详细描述
efmtool的Python包装器
efmtool是一个用于枚举基本通量模式（EFMs）的Java软件 由苏黎世ETH的Marco Terzer开发。这个包提供了一个简单的Python 包装。在
安装
pip install efmtool
使用
包装器提供了两种调用efmtool的方法：
- 在
通过简化的界面：
efms=efmtool.calculate_efms(stoichiometry:np.array,reversibilities:List[int],reaction_names:List[str],metabolite_names:List[str],options:Dict=None,jvm_options:List[str]=None)
此函数直接返回一个NumPy数组，其中包含 指定的网络（example）。
在reversibilities是表示一个反应是否可逆的列表（1） 是否（0）。注意，不可逆性假定为正向 方向。如果反方向的反应是不可逆的，它 应在调用efmtool之前反转。可以获得默认选项 通过get_default_options()。在 - 在
通过通用包装：
^{pr2}$包装器只调用efmtool，传递指定的参数。 指定、写入和读取输入/输出临时文件是 用户的责任。在
在
有关可用选项的详细信息，请参阅文档config/metabolic-efm.xml，或运行java -cp lib/metabolic-efm-all.jar ch.javasoft.metabolic.efm.main.CalculateFluxModes --help。在
引用我们
如果您在科学出版物中使用efmtool，请引用我们的论文：
Terzer，M.，Stelling，J.，2008年元素通量的大尺度计算 模式与位模式树“。生物信息学。- link
学分
efmtool是由Marco Terzer（ETH Zurich）编写的软件。在
Mattia Gollub的Python包装器（苏黎世ETH）。在
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