edittag 1.1

说明

edittag是用于设计编辑度量集的软件集合。 序列标签，检查序列标签是否符合编辑要求 度量，并将序列标签集成到特定于平台的排序中 适配器和PCR引物。edittag不同于其他方法：

• edittag在 使用多处理的合理时间帧
• edit tag生成符合编辑的编辑度量序列标记集 选定的距离
• edittag使用primer3将序列标签整合到pcr引物中

我们提供了几个大的编辑度量序列标签集 以以下格式使用edittag：

• text-此文件的格式适合于检查levenshtien distance.py
• csv
• sqlite database

文件

您可以在此处找到文档：

http://faircloth-lab.github.com/edittag/

引文

卑诗省费尔布市，格兰特市。大集合编辑度量序列标识 标记以便于大规模读取的大规模复用 并行排序。http://precedings.nature.com/documents/5672/version/1

依赖关系

• Python 2.7.x（应该在2.6.x上工作）
• numpy（用1.5.1测试）
• py-levenshtein[可选-强烈建议]
• mod-primer3[可选-扩增子标记所需]
• nose[可选-用于单元测试]

可用性

• 焦油gz
• 存储库

安装

easy_install edittag

wget package.tar.gz
tar -xzf package.tar.gz
python setup.py install

git clone git://github.com/faircloth-lab/edittag.git edittag

wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tar -xzvf python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
python setup.py install

git clone git://github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-primer3/src
make

测试

# Testing requires numpy and nose
import edittag
edittag.test()

使用edittag

# generate some tags
% design_edit_metric_tags.py --tag-length=6 --edit-distance=3 \
    --no-polybase --gc --comp --min-and-greater --output tmp/tags.txt

# validate the 6 nucleotide, edit distance 3 tag set
% validate_edit_metric_tags.py
    --input=tmp/tags.txt
    --section='6nt ed3'
    --verbose

# add those tags to a primer set
% add_tags_to_primers.py --left-primer=GTTATGCATGAACGTAATGCTC
    --right-primer=CGCGCATGGTGGATTCACAATCC \
    --input tmp/tags.txt --section='6nt ed3'
    --sort=pair_hairpin_either,pair_penalty,cycles \
    --remove-common --keep-database \
    --output tmp/trnH_tagged_with_10_nt_ed_5_tags.csv