自动scRNAseq过滤
dropkick的Python项目详细描述
单细胞RNA测序数据的自动细胞过滤
dropkick主要使用^{tt2}$的AnnData对象,并接受.h5ad或平面(.csv,.tsv)格式的输入文件。当从终端调用时,它还将输出写入.h5ad文件。在
通过pip或从源代码安装需要一个Fortran编译器(brew install gcc适用于Mac用户)。在
从PyPI安装:
pip install dropkick
从命令行使用:
dropkick run path/to/counts.h5ad
输出将保存在包含单元格概率的新的.h5ad文件中 分数、标签和模型参数。在
您还可以从终端快速运行dropkick.qc模块 看看总的UMI分布和环境基因,另存为 *_qc.png:
dropkick qc path/to/counts.h5ad
有关 dropkick管道及其输出的交互式演练。在
- 项目
标签: