自动scRNAseq过滤

dropkick的Python项目详细描述


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单细胞RNA测序数据的自动细胞过滤

Latest Version

dropkick主要使用^{tt2}$AnnData对象,并接受.h5ad或平面(.csv.tsv)格式的输入文件。当从终端调用时,它还将输出写入.h5ad文件。在

通过pip或从源代码安装需要一个Fortran编译器(brew install gcc适用于Mac用户)。在

从PyPI安装:

pip install dropkick

或从源代码编译:

^{pr2}$ dropkick可以作为命令行工具运行,也可以与 ^{tt2}$单细胞分析套件。在

从命令行使用:

dropkick run path/to/counts.h5ad

输出将保存在包含单元格概率的新的.h5ad文件中 分数、标签和模型参数。在

您还可以从终端快速运行dropkick.qc模块 看看总的UMI分布和环境基因,另存为 *_qc.png

dropkick qc path/to/counts.h5ad

有关 dropkick管道及其输出的交互式演练。在

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