解析dlis文件的python库
dlisp的Python项目详细描述
简介
dlis文件解析器（数字日志交换标准），一种用于测井数据的二进制格式，由RP66 Version 1
范围
这个解析器可以处理rp66版本1的可见envolope和逻辑格式，这意味着只要它是一个dlis文件，最终在计算机/服务器上，这个解析器就应该能够读取和解析它。但是，它在磁盘磁带中，此解析器将无法解析它。 标准中定义的大多数格式都已涵盖，例如
- 一个dlis文件中的逻辑文件和多个逻辑文件
- eflr（公共eflr和私有eflr）和iflr（fdata、eof和noform iflr）
- 多维数据
- 此解析器对加密的dlis文件的支持有限。例如，它只能从逻辑记录段读取生产者的公司代码。也无法读取加密的fdata
- 目前这个解析器只支持RP66版本1，版本2不在作用域内，因为它没有被积极使用。
- 到目前为止，仅支持读取DLIS文件，不支持写入或更新
安装
现在我们还没有在https://pypi.org托管这个解析器，但是您仍然可以通过pip install：
- 确保您有python 3.5+
- （可选）使用python 3.5+创建virtualenv
- 转到此存储库的父文件夹，然后安装程序包
pip install -e dlispy
如何使用
下面是演示如何使用其api的代码片段：
将其用作命令行工具
将其作为包安装后，可以使用以下命令转换单个DLIS文件或包含DLIS文件的文件夹：
python -m dlispy.core --input=<path to single dlis file or a folder> --output=<output path> --eflronly=<if True only dump EFPRs, otherwise dump everything>
输出
当使用此解析器解析某个dlis文件并生成输出时，在指定的输出目录中，可以预期原始dlis文件中的每个逻辑文件都有一个文件夹。在每个逻辑文件文件夹中，包含以下部分：
- 名为
UnformattedDataLogicalRecords的目录，其中包含所有未格式化的数据逻辑记录。对于每个记录，有两部分，二进制数据文件和json文件描述其CONSUMER-NAME和DESCRIPTION - 表示逻辑文件中所有eflr的json文件
- 一组csv文件，每个文件代表一帧的所有fdata。注意：通道的值可以是单个整数、浮点整数列表或多维卷。 解析总是将高维卷压缩为一维列表，例如，维度为[320，6]的通道值将压缩为长度为1920（320x6）的列表。在得到这样的列表之后，您可以回顾csv文件，找出维度并恢复到其高维度表示。
如何解析dlis文件并遍历逻辑记录：
fromdlispyimportLogicalFile,Object,Attribute,FrameData,PrivateEncryptedEFLR,parse# you can also set eflrOnly as True to only load EFLRs_,logical_file_list=parse('../data/206_05a-_3_DWL_DWL_WIRE_258276498.DLIS',eflr_only=False)forlfinlogical_file_list:# type:LogicalFileprint("LogicalFile with ID:{}, SequenceNumber:{}".format(lf.id,lf.seqNum))foreflrinlf.eflrList:iftype(eflr)isPrivateEncryptedEFLR:# PrivateEncryptedEFLR needs to handle separately.continueprint(" Set with Type:{}, Name:{}".format(eflr.setType,eflr.setName))forobjineflr.objects:# type:Objectprint(" Object with Name:{}".format(obj.name))forattributeinobj.attributes:#type:Attributeprint(" Attribute with Label:{}, Value:{}, Count:{}, RepCode:{}, Units:{} ".format(attribute.label,' '.join(map(str,attribute.value))iftype(attribute.value)islistelseattribute.value,attribute.count,attribute.repCode,attribute.units))forframeName,fDataListinlf.frameDataDict.items():print(" Frame:{}".format(frameName))forfdatainfDataList:# type:FrameDataprint(" FrameData with FrameNumber:{} and {} of slots".format(fdata.frameNumber,len(fdata.slots)))
如何将DLIS文件转储为可读格式
在这个示例代码中，您可以看到如何将dlis文件转储为读取格式，包括。因为每个dlis文件可以包含一个或多个逻辑文件，
逻辑记录与跨逻辑文件之间不存在依赖关系，因此它意味着对每个逻辑文件分别进行处理，因此我们创建
对于给定输出路径中的每个逻辑文件，我们使用逻辑文件的id作为文件夹名。在每个文件夹中，都有以下内容：
- 一个json文件，包含此逻辑文件中的所有eflr（公共和私有oen）
- 一组csv文件代表一个帧。文件的命名约定是
<origin of ObjectName>_<copy of ObjectName>_<identifier of ObjectName>.csv。 在csv文件中，每列代表一个通道，每行代表一个framedata。对于高维信道，该值被压缩为 维度数组和用户可以使用json文件中的channel dimension属性将其转换回。 - 名为
UnformattedDataLogicalRecords的文件夹，所有Unformatted Data LogicalRecords都以二进制格式存储在该文件夹中。
fromdlispyimportdump# you can also set eflrOnly as True to only dump the EFLRs as json file load EFLRsdump('../data/206_05a-_3_DWL_DWL_WIRE_258276498.DLIS',output_path='output',eflr_only=False)
提前使用
在这个示例代码中，您将将了解如何在特定类型的eflr中查找有关特定对象的信息。
fromdlispyimportLogicalFile,Object,Attribute,FrameData,PrivateEncryptedEFLR,parsefromdlispyimportOlrEFLR,FrameEFLRfromdlispyimportFrame,FrameData,Origin# you can also set eflrOnly as True to only load EFLRs_,logical_file_list=parse('../../data/206_05a-_3_DWL_DWL_WIRE_258276498.DLIS')forlfinlogical_file_list:# type:LogicalFileforeflrinlf.eflrList:iftype(eflr)isOlrEFLR:forobjineflr.objects:#type:Originprint("File {} created by company {} at {}".format(obj.getAttrValue(Origin.FILE_ID),obj.getAttrValue(Origin.COMPANY),obj.getAttrValue(Origin.CREATION_TIME)))iftype(eflr)isFrameEFLR:forobjineflr.objects:#type:Framechanel_names=', '.join(map(str,obj.getAttrValue(Frame.CHANNELS)))print("Frame {} with channel list {}".format(obj.name,chanel_names))
其他提示：
不同python版本的兼容性测试：
- 安装工具：
pip install tox pytest pyenv - 然后确保安装了Python3.5、3.6
tox
生成覆盖率报告：
py.test --cov-report html --cov=dlis_parser dlis_parser/tests/test_basic.py
生成文档：
- 安装狮身人面像：
brew install sphinx-doc - 删除文档文件夹中除
index.rst以外的.rst旧文件 - 重新生成
.rst文件源代码：cd docs;sphinx-apidoc -o . ../dlis_parser ../dlis_parser/tests/*; cd .. - 生成HTML文档：
cd docs;make clean html - 然后您可以在
docs/_build/html目录中找到文档
许可证
这个项目是根据BSD-3-Clause
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