一种用于dicom文件匿名化的工具

dicognito的Python项目详细描述


Dicognito logo

dicognito是一个匿名的Python模块和命令行实用程序 DICOM文件。

使用它可以匿名化一个或多个属于一个或多个患者的dicom文件。对象将保持分组 在他们最初的病人、研究和系列中。

包是available on pypi,可以通过键入

pip install dicognito

从命令行匿名化

安装后,一个dicognito命令将添加到python脚本目录中。 您可以在整个文件系统树或glob指定的文件集合上运行它,就像这样:

dicognito .      # recurses down the filesystem, anonymizing all found DICOM files
dicognito *.dcm  # anonymizes all files in the current directory with the dcm extension

文件将被匿名化,具有重要属性,如标识符、名称和 地址,替换为随机值。日期和时间将随机移动,但是 文件内部和文件之间的顺序将保持一致。

通过dicognito --help获取更多帮助。

在python中匿名化

要匿名化python程序中的一组dicom对象,请使用 pydicom并使用Anonymizer类:

importpydicomimportdicognito.anonymizeranonymizer=dicognito.anonymizer.Anonymizer()fororiginal_filenamein("original1.dcm","original2.dcm"):withpydicom.dcmread(original_filename)asdataset:anonymizer.anonymize(dataset)dataset.save_as("clean-"+original_filename)

对可能是同一系列的一部分的数据集使用单个Anonymizer,否则标识符将不是 跨对象一致。


徽标:从Radiology重新混合 由priyankaIncognitod͡ʒɛrmi Goodthe Noun Project开始。

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