用于系统发生学和系统发生计算的python库:系统发生树(phylogenies)和特征的读、写、模拟、处理和操作。
Dendro的Python项目详细描述
树状体是一个用于系统发生计算的python库。 它为模拟、处理和 操作系统发生树和特征矩阵,并支持 以多种格式读取和写入系统发育数据,如nexus, newick、nexml、phylip、fasta等应用程序脚本 有用的系统发育操作,如数据转换和树后验 分发摘要,也作为 诽谤。因此,树突学可以作为一个独立的系统发育库, 更复杂的多库系统信息管道的组件,或作为 脚本“胶水”,组装和驱动这样的管道。
树木学的主要主页以及详细的教程和文档位于:
http://dendropy.org/
dendropy也托管在正式的python存储库中:
http://packages.python.org/DendroPy/
要求和安装
dendropy 4.x在python 3(所有版本>;3.1)和python 2(仅限python2.7)下运行。
您可以通过运行:
$ sudo pip install dendropy
更多信息请访问:
http://dendropy.org/downloading.html
许可证和保修
有关详细信息,请参见文件“license.rst”。
当前版本
树状突起的当前版本是4.4.0。