从mri图像中自动去除面部特征
deepdefacer的Python项目详细描述
deepdefacer：通过深度学习自动删除面部特征。
deepdefacer是一个用python编写的mri匿名工具，它位于tensorflow和keras之上，是与斯坦福大学的poldrack实验室合作开发的。它可用于在商用CPU和GPU上快速去除任何分辨率和大小的3D MRI图像。其目标是为社区提供一个易于使用和高效的工具，用于对需要匿名以符合联邦隐私法（如HIPAA）的医疗图像进行诽谤。
引用deepdefacer
如果您在工作中使用deepdefacer，请参阅本引文以了解当前版本：
@article{khazane2019state,
title={DeepDefacer: Automatic Removal of Facial Features from MR Scans Via Deep Learning},
author={Anish Khazane, Julien Hoachuck, Dr. Chris Gorgowelski, Dr. Russell Poldrack},
journal={in proceedings, arXiv preprint},
year={2019}
}
如果您使用ARFF-CNN中的任何架构代码，也请使用上面的引文来遵守作者关于引用的说明。
要求
- 2.7到3.6之间的任何python版本。
- 如果您正在使用此库的GPU版本，请确保您的GPU驱动程序已正确安装并且是最新的。请参考GPU Support for Tensorflow-GPU了解有关GPU设置的更多详细信息。
- 输入的MRI图像必须具有3D结构，并以.nii或.nii.gz格式保存。
安装
deepdefacer可以通过pypi轻松地安装在任何操作系统上。这个包有两个版本：CPU或GPU支持。请在终端窗口中输入以下命令的one以开始安装，具体取决于系统规范和所需的python版本。
CPU支持
pip install deepdefacer[tf_cpu] / pip3 install deepdefacer[tf_cpu]
GPU支持
pip install deepdefacer[tf_gpu] / pip3 install deepdefacer[tf_gpu]
注意：如果您使用的是zsh类型的shell，则可能需要用引号将包名称括起来，以便成功启动pip安装。（例如pip install "deepdefacer[...]"）。
使用和文档
安装后，请在终端窗口中输入deepdefacer --help，以查看此程序的可用选项列表。对3D MRI图像进行脱脂非常简单，可以使用以下命令：
deepdefacer --input_file <input filename>
除非指定--defaced_output_path，否则程序将在与输入文件相同的目录中输出损坏的图像。
您还可以通过使用--mask_output_path选项指定所需的输出文件名和目录来保存任何mri图像的预测掩码。
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