dbotu 1.5.3

安装

dbotu3也位于conda上，可以按如下方式安装：

conda install -c cduvallet -c conda-forge dbotu

对于QIIME 2用户，dbotu3也可用作plugin。

PyPi包不再更新。

要求

• 纽比，希比，BioPython，Pandas
• Levenshtein

版本历史记录

• 1.1：修正了在表中找不到可读取为整数的序列id的错误
• 1.2:python 2兼容性，tox测试框架，序列计数表格式不正确的警告
• 1.2.1：增加了设置要求
• 1.3.0:改进的OTU文件头。将日志文件拆分为调试和进度日志。
• 1.4.0：对基于左旋恩施坦的遗传差异性度量法进行了改进。
• 1.4.1:pandas api的帐户更改为MultiIndex
• 1.5.0：添加了restart和rep seq脚本
• 1.5.1:qiime2兼容性的新功能
• 1.5.2：移动文件使其成为一个python包（而不是dbotu.py脚本）
• 1.5.3：指向conda，而不是pypi，安装

待办事项

• 测试重新启动脚本
• 更好地覆盖单元测试

引文

如果你在科学论文中使用dbotu3，我们要求你引用 原始dbotu出版物（preheimet al）或dbotu3出版物：

preheim等人。基于分布的聚类：使用生态学改进 操作分类学单位。appl environ microbiol（2013）doi:10.1128/aem.00342-13。

Olesen SW、Duvallet C和Alm EJ。dbotu3：新的 基于分布的otu呼叫。plos one（2017）doi:10.1371/journal.pone.0176335。

作者

如果您发现一个bug或有新功能的请求，请打开一个issue。

scott olesen/swo在alum.mit.edu