dammit 0.3.2

安装

文档中有完整的说明和解释以及更多的平台选项 website。对于不耐烦的人，这里有一个脱光衣服 向下版本。这些说明假设您安装的是干净的ubuntu 14.04。 Dammit也会在OSX上运行，尽管有些依赖项需要 手动安装，此处不包括。

首先从ubuntu档案中获取软件包：

sudo apt-get update
sudo apt-get install python-pip python-dev python-numpy git ruby hmmer unzip \
    infernal ncbi-blast+ liburi-escape-xs-perl emboss liburi-perl \
    build-essential libsm6 libxrender1 libfontconfig1 \
    parallel
sudo gem install crb-blast

手动安装一些软件包：

cd
curl -LO https://github.com/TransDecoder/TransDecoder/archive/2.0.1.tar.gz
tar -xvzf 2.0.1.tar.gz
cd TransDecoder-2.0.1; make
export PATH=$HOME/TransDecoder-2.0.1:$PATH

cd
curl -LO http://last.cbrc.jp/last-658.zip
unzip last-658.zip
cd last-658
make
export PATH=$HOME/last-658/src:$PATH
export PATH=$HOME/last-658/scripts:$PATH

cd
curl -LO http://busco.ezlab.org/v1/files/BUSCO_v1.22.tar.gz
tar -xvzf BUSCO_v1.22.tar.gz
chmod +x BUSCO_v1.22/*.py
export PATH=$HOME/BUSCO_v1.22:$PATH
cd

要将它们永久添加到您的环境中：

echo 'export PATH=$PATH:$HOME/TransDecoder-2.0.1' >> $HOME/.bashrc
echo 'export PATH=$PATH:$HOME/last-658/src' >> $HOME/.bashrc
echo 'export PATH=$HOME/BUSCO_v1.22:$PATH' >> $HOME/.bashrc

现在，安装dammit:

sudo pip install -U setuptools
sudo pip install dammit

如果不这样做，这将花费一些时间编译和安装panda 已经安装了最新版本；ubuntu 14.04档案中提供的版本有 只是太老了。

pip install git+https://github.com/camillescott/dammit.git

用法

要检查依赖项，请运行：

dammit dependencies

要检查数据库，请运行：

dammit databases

要下载并安装它们，请运行：

dammit databases --install

要注释您的转录组，最基本的用法是：

dammit annotate <transcriptome_fasta>

这些是非常基本的示例；要获得更详细的描述，请查看 documentation中的相关页。这个 文档描述了如何定制数据库安装位置并利用现有的 数据库。

已知问题

• 在某些系统上，configparser包的安装可能会出错，这将导致 以及要抛出的异常。这可以通过遵循问题33：https://github.com/camillescott/dammit/issues/33的说明来解决。
• 恢复在Busco阶段中断的运行时可能有错误。如果任务失败 继续，删除“该死的结果”文件夹中的busco results文件夹，该文件夹将有一个名称 以run\lt；name>；的形式运行。busco\u results。
• dependencies子命令不搜索所有子依赖项；例如，busco依赖于 浮雕，不搜索。尽管安装说明包括 依赖项，那些courf不阅读说明的用户courf可能会混淆 依赖项被标记为已安装，但仍然不起作用。
• 该死的0.3不支持Busco v2。该死的1.0正在建立2.0支持。

致谢

我从很多渠道得到了意见和建议，包括但不限于：提图斯 布朗，马特·麦克曼内斯，克里斯·哈姆，迈克尔·克鲁索，罗素·内克斯，路易斯·欧文，丽莎·科恩，雪琳 阿瓦德，还有驯服的曼苏尔。

CS由国家卫生研究院国家人类基因组研究所资助 奖励编号：R01HG007513至2016年5月，并得到戈登和贝蒂的支持 授予编号为GBMF4551的摩尔基金会。