阅读卡尔蔡司（R）图像（CZI）文件
czifile的Python项目详细描述
czifile是一个python库，用于读取卡尔蔡司图像（czi）文件 蔡司显微术有限公司Zen（R）软件的文件格式CZI文件 包含来自显微镜实验的多维图像和元数据。
| Author: | Christoph Gohlke |
|---|---|
| Organization: | Laboratory for Fluorescence Dynamics. University of California, Irvine |
| License: | 3-clause BSD |
| Version: | 2019.7.2 |
要求
- CPython 2.7 or 3.5+
- Numpy 1.14
- Tifffile 2019.7.2
- Imagecodecs 2019.5.22 （可选；用于解码LZW、JPEG和JPEG XR）
修订版
- 2019.7.2
- 需要tifffile 2019.7.2.
- 2019.6.18
- 添加包主函数以查看czi文件。 修正bgr到rgb的转换。 修复Python2上的czi2tif转换。
- 2019.5.22
- 修复当czi元数据包含非ascii字符时的czi2tif转换。 使用imagecodec_lite作为imagecodec的后备。 使czifile.metadata成为函数（中断）。 使scipy成为可选依赖项；在ndimage上后退或在zoom（）上失败。
- 2019.1.26
- 修复czi2tif控制台脚本。 更新版权年。
- 2018年10月18日
- 将zisraw包重命名为czifile。
- 2018.8.29
- 将czifile.py和相关模块移到zisraw包中。 将用法示例移到主docstring。 需要Imagecodec软件包来解码JPEGXRFILE、JPG文件和LZW。
- 2018.6.18
- 将czi元数据保存到czi2tif中的tiff描述。 使用max_workers=1修复attributeerror。 生成segment.sid和dimensionEntryDV1.dimension str类型。 将元数据返回为XML Unicode字符串或dict，而不是etree。 将时间戳、焦点位置、事件和lut作为元组或ndarray返回
- 2017.7.21
- 在czifile.asarray中使用多线程来解码和复制段数据。 始终将bgr转换为rgb。删除bgr2rgb选项。 直接从字节数组解码JPEGXR。
- 2017.7.13
- 添加将czi文件转换为内存可映射tiff文件的函数。
- 2017.7.11
- 将“out”参数添加到czifile.asarray。 从czifile.asarray（breaking）中删除memmap选项。 将样条曲线插值顺序更改为0（断开）。 使轴返回字符串。 需要tifffile 2017.7.11。
- 2014.10.10
- 将数据读入内存映射数组（可选）。
- 2013.12.4
- 通过czifle扩展模块解码jpegxrfile和jpgfile。 尝试重建平铺的马赛克图像。
- 2013年11月20日
- 初始版本。
注释
api还不稳定，可能会在不同的版本之间发生变化。
不推荐使用Python2.7和3.4。
“蔡司”和“卡尔蔡司”是卡尔蔡司公司的注册商标。
Zisraw文件格式设计规范[1]是保密的，并且 许可协议不允许将数据写入CZI文件。
仅实现了2016规范的一个子集。明确地， 不支持多文件图像、图像金字塔和地形图像。
仅在Windows上使用几个示例文件进行测试。
czifile依赖于imagecodecs 用于解码LZW、JPEG和JPEG XR压缩图像的包。或者， imagecodecs_lite包 可用于解码LZW压缩图像。
用于读取CZI文件的其他库（所有GPL许可）：
参考文献
- ZISRAW（CZI）文件格式设计规范版本1.2.2。 czi 07-2016/czi-doc zen 2.3/ds_zisraw-fileformat.pdf（保密）。 文件可在 https://www.zeiss.com/microscopy/us/products/microscope-software/zen/czi.html
示例
以numpy数组的形式从czi文件读取图像数据：
>>> image = imread('test.czi')
>>> image.shape
(3, 3, 3, 250, 200, 3)
>>> image[0, 0, 0, 0, 0]
array([10, 10, 10], dtype=uint8)
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