计算结构生物学工具箱

csb的Python项目详细描述


csb是一个python库和应用程序框架,可以使用 解决结构生物信息学领域的问题。如果 你是生物信息学家,软件工程师或研究人员 在这个领域,你很有可能在这里找到有用的东西。我们的 软件包由几个主要组件组成:

  1. 核心类库-面向对象,细粒度,强调 关于设计和干净的界面。
  2. 应用程序框架-控制台应用程序(“协议”), 使用核心库中的对象来构建 可执行的东西(希望有用)。
  3. 测试框架-确保库实际工作。

安装

csb是在linux上用python 2.7和3.6开发的。但是,兼容性 是一个设计目标,这个包可以在任何平台上,任何现代python上工作 从2.6版开始的解释器(包括 盒子)。如果您发现平台/解释器与 我们的发展环境,请告诉我们。

csb及其所有依赖项都可以使用pip安装:

$ pip install csb

有关详细信息,请参见http://csb-toolbox.github.io/Installation

运行CSB应用程序

csb与许多可执行控制台csb.apps捆绑在一起。每个应用程序 提供标准的命令行界面。要运行任何应用程序,请尝试:

$ csb-app --help

其中csb app是应用程序的名称,例如csb-hhfrag。 有关我们的应用程序框架的更多详细信息,包括编写新的 应用程序,请参阅API文档,包“csb.apps”。

文档

项目的网站GitHub包含 在线文档和样本。访问我们:

http://csb-toolbox.github.io

详细的api文档可以在 分发包(docs/api/index.html)。这部纪录片也是由 在我们的网站上:

https://csb-toolbox.github.io/api-docs/

许多软件包包含介绍性的模块级文档和示例/教程。 HTML文档中也提供了这些功能,但是访问它们的快速方法是使用 内置的python帮助系统。例如,一般介绍 请参阅根包的模块文档:

$ python -c "import csb; help(csb)"

如果您对特定的包感兴趣,例如cs.bio.sequence, 尝试:

$ python -c "import csb.bio.sequence; help(csb.bio.sequence)"

联系人

csb是由michael habeck的计算结构生物学开发的 research group

有关完整的源代码、贡献、支持或错误报告,请访问 Github上的美国:

http://github.com/csb-toolbox/

许可证

CSB是开源的,并根据OSI批准的MIT许可证分发。

Copyright (c) 2012 Michael Habeck

Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
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"Software"), to deal in the Software without restriction, including
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CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT,
TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE
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https://travis-ci.org/csb-toolbox/CSB.svg?branch=master

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