基于mdtraj的接触图
contact-map的Python项目详细描述
联系人地图
这个包提供了分析和探索联系人的工具 （残余物和原子原子） 动力。它建立在 MDTraj。
接触可以是定义（元）稳定状态的一个重要工具 涉及生物分子的过程。例如，对联系人的分析 在绑定期间定义绑定状态时特别有用 蛋白质、DNA和小分子之间的过程（例如 毒品）。
由contact_map分析的接触可以是分子间的或 分子内的，并且可以在残留的基础上或 原子原子基础。
此软件包使您很容易回答以下问题：
- 轨迹中存在哪些接触点？
- 轨迹中最常见的接触是什么？
- 一个人的接触频率有什么不同 弹道和另一个？（或具有特定帧，例如pdb 条目。）
- 对于一个特定的残余物接触对 原子最常接触？
它也有助于接触矩阵的可视化 表示接触的轨迹时间的分数 现在。
完整的文档位于http://contact-map.readthedocs.io/。
安装
最简单的安装方法是使用conda。康达是一个强大的 包装和环境管理系统。如果你还没有 高度定制的python环境，我们建议从 在full anaconda distribution或 smaller-footprint miniconda。这个 包通过 conda-forge通道；安装时使用：
conda install -c conda-forge contact_map
如果不想使用conda，也可以使用pip（通过 复杂的过程）或者做一个开发者安装。见installation documentation 详细情况。
支持和发展
contact_map是一个开源项目，在gnu lgpl下发布， 版本2.1或（由您选择）任何更高版本。发展需要 在公共场所https://github.com/dwhswenson/contact_map；您的 欢迎投稿！
如果您有建议或错误报告，请raise an issue on our GitHub issue page。
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