compath资源实用程序。
compath-resources的Python项目详细描述
此存储库包含使用ComPath派生或生成的不同资源。 在这些资源中，有Jupyter notebooks 概述可以使用compath插件进行的分析以及管理工作的结果 (‘mappings’ folder)我们在这里生成路径映射 在三个主要路径数据库之间（见下文）。
引文
如果你在工作中使用compath，请引用[1]：
| [1] | Domingo-Fernández, D., et al. (2019). ComPath: An ecosystem for exploring, analyzing, and curating mappings across pathway databases. npj Syst Biol Appl., 5(1):3. |
安装
固化（路径映射）
这个练习的目的是在路径数据库中生成映射文件，以便建立关系 在三个主要路径数据库中的类似路径之间：
我们建议直接从compath网站下载映射，因为wikipathways中的路径不是 稳定，可能已经改变了。但是，网站分发的映射文件包含稳定的标识符 从所有资源。
路径数据库之间的映射
此包中总共存储了3个映射文件，每对比较一个：
需要注意的是，由于compath推理系统，数据库中存储了更多的映射。 例如，当kegg to wikipathways路径被指定为等同于反应性路径时，compath使用 Reactome Hierarchy以推断新的层次映射并将Reactome路径的超级/子路径映射到此 相应的等效路径。
映射类型
我们区分了路径（映射）之间的两种关系：“等价”和“ispartof”。
- 相当于。表示两种途径的无向关系指同一生物过程。这个
这种关系的要求是：
- 范围：两种途径代表相同的生物途径信息。
- 相似性：两条途径必须至少共享一个重叠基因。
- 背景：两种途径应在同一背景下发生（如细胞系、生理学）
- 伊斯帕托夫。指示通路1（子）和通路2之间等级关系的有向关系
（家长）。要求是：
- 子集：受试者（途径1）是途径2的子集（例如，反应性途径层次）。
- 相似性：同上
- 上下文：同上
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