coconet-binning 0.54

引文（正在进行的工作）

阿里斯达凯辛C.，黑鬼O.，管家G.，泊松G.，贝尔凯德M。 用神经网络整合病毒基因组

说明

CoCoNet（Composition and Coverage Network）是一种用于病毒基因组整合的方法。它利用深入的学习来抽象k-mer组成的模型和从病毒基因组数据中收集的binning contigs的覆盖率。具体地说，我们的方法使用神经网络从元基因组数据中学习一个灵活的函数来预测任何一对contigs来自同一基因组的概率。这些概率随后被组合起来，以推断代表已测序样本中物种的箱或簇。我们的方法是专门针对不同的病毒基因组设计的，例如在环境样本（如海洋、土壤等）中发现的。在

安装

CoCoNet在PyPi上可用，可以与pip一起安装：

pip3 install coconet-binning --user

基本用途

CoCoNet可用作命令行程序。要查看所有选项的列表，请打开终端并运行：

有关详细信息，请参阅ReadTheDocs上的文档

贡献

• 问题跟踪程序：github
• {a7}代码