cobra 0.16.0

python中基于cobrapy约束的重构与分析

什么是cobrapy？

眼镜蛇方法广泛应用于代谢的基因组尺度模拟。 原核生物和真核生物的网络。 cobrapy是 基于约束的建模包，用于适应 下一代眼镜蛇模型的生物复杂性 提供对常用COBRA方法的访问，例如通量平衡 分析、通量变异性分析和基因缺失分析。

我们对cobrapy的目标是提供有用、高效的基础设施 对于：

• 创建和管理代谢模型
• 访问流行的解算器
• 用fva、fba、pfba、moma等方法分析模型。
• 检验模型并得出基因重要性的结论， 测试爆胎等的后果。

我们对cobrapy的目标是让它自己有用，让它 对于那些希望 构建新的眼镜蛇相关的python包，例如可视化， 应变设计和数据驱动分析。通过重新使用相同的类 以及设计原则，我们可以使新的方法 实现并易于使用，从而将cobra的能力 更多的研究人员。

文件可在网上浏览 阅读文档 并可以 也是 已下载

请使用 谷歌 组 以获取帮助。写一个很好的问题 细节，你很可能很快就会得到一个好的答案！请参阅这些 stackoverflow 关于如何提问的指导原则。 或者，您也可以使用gitter.im来快速提问。 以及关于cobrapy（更快的响应时间）的讨论。请记住，答案是由志愿者提供的 基础，

有关opencobra的更多信息，请访问 网站

如果你在科学出版物中使用cobrapy，请引用 doi:10.1186/1752-0509-7-74

安装

使用pip安装cobrapy pypi（我们建议这样做 在虚拟的 环境）：

pip install cobra

如果您下载了源代码，请运行：

pip install -e .

在 cobrapy 目录中。欲了解更多信息，请关注 详细的安装说明

贡献

我们欢迎您的贡献！请阅读投稿 指南开始。

许可证

cobrapy源代码是在gpl和lgpl许可下发布的。你 可以选择使用软件的许可证。然而， 请注意，包含glpk的二进制包（例如 将绑定在https://pypi.python.org/pypi/cobra" rel="nofollow">https://pypi.python.org/pypi/cobra上分发的轮子 也有许可证。

这个程序是免费软件：你可以重新发布和/或修改它 根据GNU通用公共许可或较小GNU的条款 自由软件基金会发布的通用公共许可证， 许可证的第2版或（由您选择）任何更高版本。

这个程序的发布是希望它会有用，但是 没有任何保证；甚至没有 适销性为特定目的的适销性或适合性见GNU将军 公共许可证了解更多详细信息。