编写奇美拉地图（CMAP）
cmapfile的Python项目详细描述
cmapfile是编写chimera映射（cmap）的python库和控制台脚本。 文件，包含一系列3d xyz数据集的hdf5文件。
可以从numpy数组和各种文件格式创建cmap文件 包含卷数据，例如bin、tiff、lsm、oif和oib。
可以使用ucsf chimera[2]可视化cmap文件，这是一个高度可扩展的 分子结构交互可视化分析程序 以及相关数据。
对于命令行用法，请运行python -m cmapfile --help
| Author: | Christoph Gohlke |
|---|---|
| Organization: | Laboratory for Fluorescence Dynamics. University of California, Irvine |
| Version: | 2019.1.1 |
参考文献
- 托马斯·戈达德。[奇美拉用户]阅读奇美拉的HDF5文件。 https://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2008-September/003052.html
- ucsf嵌合体，一个可扩展的分子模拟系统。 https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
- 图像全局-simfcs。https://www.lfd.uci.edu/globals/
示例
将5D LSM文件转换为CMAP文件：
python -m cmapfile "/my data directory/large.lsm"
将当前目录中的所有bin文件转换为test.cmap。bin文件 已知包含128x128x64个16位整数样本。CMAP文件 将使用最多16个子采样来存储float32映射：
python -m cmapfile --shape 128,128,64 --step 1,1,2 --dtype i2
--cmap test.cmap --subsample 16 --astype float32 *.bin
更改CMAP文件中的步长：
python -m cmapfile --step 1,1,1.5 test.cmap
注释
符合[1]的cmap文件格式：
Example of HDF format written by Chimera (Chimera map format) follows.
The Chimera map file reader will allow all fields to be missing (except
the 3D data).
/image (group, any name allowed)
name "centriole" (attribute)
step (1.2, 1.2, 1.2) (attribute)
origin (-123.4, -522, 34.5) (attribute)
cell_angles (90.0, 90.0, 90.0) (attribute)
rotation_axis (0.0, 0.0, 1.0) (attribute)
rotation_angle 45.0 (attribute, degrees)
/data (3d array of uint8 (123,542,82)) (dataset, any name allowed)
/data_x (3d array of uint8 (123,542,82), alternate chunk shape) (dataset)
/data_2 (3d array of uint8 (61,271,41)) (dataset, any name allowed)
subsample_spacing (2, 2, 2) (attribute)
(more subsampled or alternate chunkshape versions of same data)
修订版
- 2019.1.1
- 更新版权。
- 2018年8月30日
- 将cmapfile.py移到cmapfile包中。
- 2014.10.10
- 初始版本。
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