基于纵向NGS数据的肿瘤克隆解卷积
clonosG的Python项目详细描述
简介
肿瘤是系统发育相关的癌细胞群或克隆的混合物，它们受到达尔文进化过程的影响，以应对其局部微环境中的选择性压力。clonosGP是一种基于纵向收集的肿瘤样本，在时间上连续追踪这种潜在异质性的统计方法。从技术上讲，它结合了Dirichlet过程混合模型和高斯过程先验来识别突变簇并持续跟踪它们的细胞流行率。如果只有横截面数据可用，那么它根据观察到的频率对突变进行标准的非参数聚类，类似于PyClone和其他同类软件。在优秀的概率规划系统PyMC3中实现了clonosGP下的统计模型，我们也依赖于该系统使用变分方法进行推理。在
安装
clonosGP需要Python3.7或更高版本。它可以方便地安装如下：
- 创建虚拟环境：
python3 -m venv myenv - 激活新创建的环境：
source myenv/bin/activate - 安装
clonosGP如下：pip install -U clonosGP
还将安装所有必需的依赖项。在
使用
快速开始使用clonosGP的指南here可用。更全面的教程可以在here找到。在
引文
引文信息检查http://github.com/dvav/clonosGP
- 项目
标签：
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