circtools 1.1.0.8

简介

环状rna（circrnas）起源于线性原核转录本的后剪接事件，对核酸外切酶具有抗性，通常不发生聚腺苷酸化，并且已被证明对细胞类型和发育阶段具有高度特异性。尽管很少有环状rna分子表现出mirna海绵功能，但对于绝大多数环状rna，其功能尚待确定。

环状rna的预测是一个多阶段的生物信息学过程，从原始测序数据开始，通常以潜在的环状rna候选列表结束，根据组织和条件，可能包含数百到数千个潜在的环状rna。虽然已经有许多用于预测过程的工具（如dcc和circtest），但公开可用的下游分析工具并不多见。

我们开发了circtools，一个基于python3的模块化框架，用于与circrna相关的工具，它统一了单个命令行驱动软件中的多个功能。命令行遵循samtools或bedtools中使用的 circtools子命令 标准。目前，circtools包括用于检测和重建circrnas的模块， 快速检查CircRNA定位结果、RBP富集筛选、CircRNA引物设计、统计测试和外显子使用模块。