circDraw 0.0.1

循环绘制

用于CircDraw可视化的Python包

用法

fromcircDrawimportcircDraw# initiate a circDraw instancecd=circDraw()# set color of circ_on_chr (optional)cd.set_palette(["#5CA0F2","#FF881D",'#e30067','#924900','#ab9c00','#ccd0d2','#075800','#5e0094',])# set color of modifications (optional)mod_palette={'m6a':'#E98B2A','m5c':'#E16B8C','m1a':'#64363C','pu':'#ffa12c','2ome':'#1a6f00','mre':'#6D2E5B','rbp':"#2B5F75",'orf':'#516E41'}cd.set_mod_palette(mod_palette)# draw backsplicing site on chromosome regioncd.circ_on_chr('Your file')# draw modifications on circRNAcd.mod_on_circ('Your file')

api

#####循环频率

circDraw.circ_on_chr(file,title='circDraw',dpi=300,save='png',show=True,size=(10,5))

• 文件：

  • 仅支持“csv”

  • Start	End	Type	Name	Color (Optional)

  • 开始<；结束

  • 类型：circ，exon，intron，gene

  • 颜色：rgb、rgba、hex或supported color names。

• 标题：情节的标题

• 保存：要另存为的文件格式，png，pdf，jpeg等。

• 显示：布尔，渲染后显示情节。

• 大小：（长，宽）绘图的大小。

#####电路模块

circDraw.mod_on_circ(self,file,dpi=100,save='png',show=True,size=(7,7),sep_mod=False)

• 文件：

  • 仅支持“csv”

  • Start	End	Type	Name	Color (Optional)

  • 开始<；结束

  • 类型：circ，exon，intron和修改类型

    • 修改类型：m6a，m1a，m5c，pu，2ome，mre，rbp，orf

  • 颜色：rgb、rgba、hex或supported color names。

• 保存：要另存为的文件格式，png，pdf，jpeg等。

• 显示：布尔，渲染后显示情节。

• 大小：（长，宽）绘图的大小。

• sep_mod:bool，如果设置为true，则防止修改重叠。

设置调色板

circDraw.set_palette(palette)

一个颜色列表，列表的长度必须大于5。

设置模板

circDraw.set_mod_palette(palette)

一本颜色字典与修改的颜色相匹配。您可以更改任何一种修改颜色。

标签：

• mod
• png
• 颜色
• on
• 可视化
• cd
• color
• circ
• palette

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