适用于非HCP数据集的人类连接体项目（HCP）工具
ciftif的Python项目详细描述
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适用于非HCP数据集的人类连接体项目（HCP）工具
ciftify是一组三种类型的命令行工具：
- **转换工具** ：从HCP最小处理管道改编的命令行工具，用于将预处理的T1和功能磁共振数据放入类似HCP的文件夹结构中
- **ciftify tools** ：使使用cifty格式更容易的命令行工具
- **cifi vis tools** ：可视化工具，这些工具使用connectome-workbench工具创建标准视图的png在frml页面中一起显示当前主题。
查看我们的wiki，了解更多有关个别工具的详细信息！
下载并安装
安装最新版本的python包
首先，安装python包及其所有捆绑的数据和脚本。你 只需使用pip命令即可完成此操作。
注意 CIFTIFY的最新版本需要Python3（不再支持Python2）。
要使用PIP进行安装，请在终端中键入以下内容。
啊！有关其他安装选项，请参阅本安装文档。
CIFTIFY工作流
改编自HCP最小处理管道的脚本，将预处理的T1和功能磁共振数据放入类似HCP的文件夹结构中
-
全部CIFTIFY侦察
- 将任何freeserfer输出目录转换为hcp（cifti space）输出目录
- ciftify subject u功能磁共振成像
- 将向受试者HCP分析目录中的cipti.dtseries.nii投影nifti功能扫描
- 受试者的hcp分析目录是通过在所有参与者的freesurfer输出上运行密码识别来创建的
- 将进行奇特的异常值删除以优化过程中的映射，然后在CIPTI空间中平滑数据
城市化工具
-
ciftify的意思是：
- 提取可以接受nifti、cifti或toxini输入的平均时间序列（类似于fsl'fslmeants）
-
CIFTIFY种子校正
：
- 使用cipti、毒素或nifti输入构建基于种子的相关图
-
CIFTIFY峰值表
：
- 类似于fsl集群，从静态地图输出峰值位置的csv表
-
奇菲冲浪ce_rois
：
- 一种在皮层表面建立圆形roi的工具。一次可以从csv表中读取多个roi位置。
-
CIFTIFY U组掩码
：
- 使用多个.dtseries.nii文件作为输入，为statiscal分析生成组掩码的工具
-
cifity卷结果
- 将nifti扫描投射到cifti空间（4d nifti->；.dtseries.nii或3d nifti->；.dsclar.nii），无需任何复杂步骤或平滑处理
- 用于转换三维统计图（或感兴趣的三维区域），以便使用WB U视图进行可视化
CIFTI VIS工具
- citfi-vis-u-recon-u-all公司
- 生成用于验证CIFTIFY_recon_all转换的可视质量控制页
- 注意：这些页面也可用于Freesurfer的Recon All Pipeline的质量控制
- （它们比自由曲面qatools更容易生成（即不需要显示），而且也更漂亮一些）
在箱子里还有
这两个是正在进行的工作的一部分（我需要首先验证这一点） ciftify_pint_顶点 cifti_vis_pint公司 Epi_HCpexport
参考/引用ciftify
ciftify中使用的工作流和模板文件改编自human connectome项目的最小预处理管道。因此，任何采用ciftify可视化工具转换的工作都应该引用：
Glasser MF、Sotiropoulos SN、Wilson Ja、Coalson TS、Fischl B、Andersson JL、Xu J、Jbabdi S、Webster M、Polimeni Jr、Van Essen DC、Jenkinson M、Wu Minn HCP财团。人类连接体项目的最小预处理管道。神经影像学2013年10月15日；80:105-24。PubMed PMID:23668970；PubMed Central PMCID:PMC3720813。
此外，任何使用包含在这里的分割文件的工作都应该引用它们的原始源。它们是：
是7或（17）网络划分 ： Yeo，B.T.Thomas，Fenna M.Krienn，Jorge Sepulcre，Mert R.Sabunca，Danial Lashkari，Marisa Hollinshead，Joshua L.Roffman等人。2011。"通过内在功能连接性估计的人类大脑皮层的组织。"神经生理学杂志106（3）：1125–65。
Freesurfer DK Atlas（即"APARC"细分） ： Desikan，Rahul S.，Florent Ségonne，Bruce Fischl，Brian T.Quinn，Bradford C.Dickerson，Deborah Blacker，Randy L.Buckner等人。2006。"一个自动标记系统，用于在核磁共振扫描中将人类大脑皮层细分为基于脑回的感兴趣区域。"神经影像31（3）：968–80。
Glasser MMP1.0分块： 格拉瑟，马修·F，蒂莫西·S·科尔森，艾玛C.Robinson、Carl D.Hacker、John Harwell、Essa Yacoub、Kamil Ugurbil等。2016。"人类大脑皮层的多模态分割"，《自然》536（7615）：171–78。
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