在一个bed或sequence dictfile中分块和分散区域
chunked-scatter的Python项目详细描述
分块散布
此工具以bed文件或序列字典为输入，并将 把染色体连接成一定大小的重叠块。这些块会 然后放入新的床文件，每个文件一个染色体。小染色体 将被放在一起，以避免创建数千个文件。
安装
从github安装：
- 克隆存储库：
git clone https://github.com/biowdl/chunked-scatter.git - 输入存储库：
cd chunked-scatter - 使用pip安装：
pip install .
用法
chunked-scatter -p output_prefix -i input.bed
输入应以.bed或.dict结尾！
| option | arguments | definition |
|---|---|---|
| -c | a number | The size of the chunks. |
| -o | a number | The size of the overlap. |
| -m | a number | The minimum number of bases to be put in a single output file, before a new scatter will be made. |
示例
床单
给定位于/data/regions.bed：
chr1 100 1000
chr1 2000 16000
chr2 5000 10000
命令：
chunked-scatter -p /data/scatter_ -i /data/regions.bed -m 1000 -c 5000
将生成以下两个输出文件：
/data/scatter_0.bed：chr1 100 1000 chr1 2000 7000 chr1 6850 12000 chr1 11850 16000/data/scatter_1.bed：chr2 5000 10000
dict文件
给定位于/data/ref.dict：
@SQ SN:chr1 LN:3000000
@SQ SN:chr2 LN:500000
命令：
chunked-scatter -p /data/scatter_ -i /data/regions.bed
将在/data/scatter_0.bed生成以下输出文件：
chr1 0 1000000
chr1 999850 2000000
chr1 1999850 3000000
chr2 0 500000
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