在集群上运行chm作业的实用程序包

chmutil的Python项目详细描述


chmutil

https://img.shields.io/pypi/v/chmutil.svghttps://pyup.io/repos/github/crbs/chmutil/shield.svghttps://travis-ci.org/CRBS/chmutil.svg?branch=masterhttps://coveralls.io/repos/github/CRBS/chmutil/badge.svg?branch=master

要在群集上运行Cascaded Hierarchical Model (CHM)作业的实用程序包。

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工具

  • createchmjob.py–创建一组chm作业来处理不同计算集群(gordon、comet和rocce)上的一组图像
  • checkchmjob.py–检查由createchmjob.py脚本生成的作业的状态
  • createchmtrainjob.py–创建一个chm train作业,在各种计算集群(comet&rocce)上可运行,它教会chm如何分割所需的特性。此作业的输出是经过训练的模型,需要它作为createchmjob.py的输入
  • createchmage.py–简单的图像转换实用程序
  • createProbMapOverlay.py–覆盖基础图像上的半透明彩色概率贴图
  • mergetiles.py–将目录中的一组图像块合并为单个图像
  • chmrunner.py–运行由createchmjob.py创建的chm任务的内部工具
  • mergetilerunner.py–运行由createchmjob.py创建的合并任务的内部工具

依赖性

兼容性

  • 应该在Linux发行版上使用Python2.7&3+。

安装

pip install chmutil

使用量

# creates a job assuming images are in ./images and ./trainedmodel has
# chm model
createchmjob.py ./images ./trainedmodel myrun --cluster rocce

许可证

LICENSE.txt

虫子

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学分

这个包是用Cookiecutteraudreyr/cookiecutter-pypackage项目模板创建的。

历史记录

0.8.4(2018-03-20)

  • 尝试第二种方法来获得彗星配置,以加载奇点2.3.2。 见下文第76期。

0.8.3(2018-03-16)

  • 已添加–dontdeletescatch选项以创建要跳过的trainingmrcstack.py 删除scratchDir。 Issue #78
  • 更新彗星配置以加载奇点2.3.2。 Issue #76

0.8.2(2017-07-27)

  • 修复了历史记录注释中导致PYPI无法正确呈现项目说明的打印错误

0.8.1(2017-07-27)

  • 修正了createtrainingmrcstack.py中导致程序失败的错误 无法正确调用get_image_path_list()。 Issue #48
  • 将rocce集群上的合并任务所需的内存从10增加到 20千兆字节的RAM,并添加了虚拟无约束处理 百万像素图像。 Issue #49

0.8.0(2017-06-23)

  • 添加了–gentifs to createchmjob.py以生成TIF概率图图像 Issue #43
  • 修复了checkchmjob.py中的错误–详细说明了RAM值不正确的地方 Issue #44
  • 将有关输入图像的信息添加到checkchmjob.py–detailed Issue #28

0.7.0(2017-06-09)

  • 添加了–gentiles标志到createchmage.py以从中生成平铺 可以在概率图查看器中查看的图像。 Issue #42
  • 在createprobmappoverlay.py中添加了–rawthreshold标志,其中 允许调用方指定精确的像素强度值,而不是 与–threshpc一起提供的百分比。 Issue #41
  • 在提交的SGE作业要求中添加了virtual_free 通过createchmtrainjob.py到rocce集群。 Issue #40

0.6.0(2017-03-03)

  • 添加了–checkchmjob.py的详细选项。 Issue #6
  • 添加了–addprobmap到createprobmappoverlay.py以启用 要叠加的其他概率图。 Issue #25
  • 添加了创建chm的createchmtrainjob.py脚本 训练工作。 Issue #19
  • 修复了由 创建chmjob.py。 Issue #20

0.5.1(2017-01-12)

  • 固定帐户未放入runjobs.gordon和runmerge.gordon。 Issue #11
  • 修复了在readme.txt中检查作业状态示例时出现的错误 由createchmjob.py创建。 Issue #12

0.5.0(2017-01-11)

  • pypi上的第一个版本。

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