读写化学轨迹文件
chemfiles的Python项目详细描述
chemfiles库的python绑定
chemfiles是一个读写分子轨迹文件的库。这些 文件由您最喜欢的理论化学程序创建，其中包含 有关原子或残留物名称和位置的信息。Chemfiles提供 这些格式之上的抽象，以及用于加载和 将数据保存到这些文件中
此存储库包含chemfiles库的python绑定。这个 绑定是用cTypes模块创建的，它直接调用 chemfiles，因此与Python 2和3以及 努比。
安装
您可以使用喜爱的包管理器（^{
# Using pip
pip install chemfiles
# Using conda
conda install -c conda-forge chemfiles
源代码编译
如果您拥有 计算机上安装的C++化学文件库的{a3}。
# To get the latest development version: git clone https://github.com/chemfiles/chemfiles.py cd chemfiles.py git submodule update --init # Install development dependencies pip install -r dev-requirements.txt # Install chemfiles pip install . # Optionally run the test suite tox
用法示例
下面是chemfiles模块的一个简单用法示例。请看
examples其他例子的文件夹。
fromchemfilesimportTrajectory,Frametrajectory=Trajectory("filename.xyz")frame=trajectory.read()print("There are {} atoms in the frame".format(frame.natoms()))positions=frame.positions()# Do awesome things with the positions here !
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