用于处理化学坐标的python模块。
chemcoord的Python项目详细描述
#chemcoord:用于分子坐标的python模块
<;table>;
<;tr>;
<;td>;最新版本<;td>;
<;td>;
<;a href="https://pypi.python.org/pypi/chemcoord">;
<;img src="https://img.shields.io/pypi/v/chemcoord.svg"alt="最新re租用"/>;
<;/a>;
<;/td>;
<;tr>;
<;td>;包状态<;/td>;
<;td>;
<;a href="https://pypi.python.org/pypi/chemcoord">;
<;img src="https://img.shields.io/pypi/status/chemcoord.svg"
alt="status"/>;
<
<;lt;lt;br/><;lt;lt;lt;lt;lt;lt;td>;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;a;
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<;a;a;a;a;a;a;a;a;a;a;a;a;a;a;a;a;a;http://www.gnwww.gnwww.gnu.org.org.org.org/licenses/licenses/lgpl-a>;
<;/td>;
<;tr>;
<;tr>;
<;td>;生成状态<;td>;
<;td>;
<;a href="https://travis ci.org/mcocdawc/chemcoord">;
<;img src="https://travis-ci.org/mcocdawc/chemcoord.svg?branch=master"
a lt="travis build status"/>;
<;/a>;
<;/td>;
<;/tr>;
<;tr>;
<;td>;代码质量<;/td>;
<;td>;
<;a href="https://landscape.io/github/mcocdawc/chemcoord/master">;
<;img src="https://landscapE.IO/github/mcocdawc/chemcoord/master/landscape.svg?
lt;br/><;a>;
<;lt;lt;lt;lt;br/><;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;br/><;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt;lt>;
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<;/a>;
<;/td>;
<;/tr>;
<;/table>;
在笛卡尔空间和非冗余内部坐标(zmatrices)之间。
如果有必要,虚拟原子会自动插入和移除。
*创建的zmatrix不仅是用内部坐标表示的结构,
它是一种"化学"zmatrix。
"化学"zmatrix的意思是,例如,距离沿键
或二面体的定义如化学教科书中所示
(纽曼投影)。
*实现了不同
坐标系之间转换的分析梯度。
*性能密集型函数离子/方法使用[numba](http://numba.pydata.org/)以类似fortran/c的速度实现。
*几何体可以使用符号表达式使用
[sympy](http://www.sympy.org/en/index.html)定义。
*构建在具有非常相似语法的[pandas]之上(http://pandas.pydata.org/)。.
这允许例如不同的标签或基于行的索引。
*它来自我自己的工作,我在白天大量使用它。
因此,所有函数都是围绕理论化学中的工作流程进行测试和定制的。
*这些类可以安全地继承,并且很容易实现定制。
*[它是一个python模块;)(https://xkcd.com/353/)
\installation guide
需要一个有效的python安装(2.7和>;=3.5是可能的)。
[jupyter](http://jupyter.org/)。
默认情况下,它们会随
[anaconda3安装程序(https://www.continuum.io/downloads/)一起提供
\unix
对于打包版本,必须在
终端中执行以下命令:
`````
conda install-c mcocdawc chemcoord
```
或
````
pip安装chemcoord
`````
以获得最新的开发版本(experimental):
```
git克隆https://github.com/mcocdawc/chemcoord.git
cd chemcoord
pip安装。
````
对于Unix,
通过引用Oskar Weser(2017)使用这一现成的bibtex条目,可以很容易地认识到这一事实:
````
@masterthesis{oweser2017,
author={oskar Weser},
title={an effective and general library for the definition and use of internal coordinates in large molecular systems},
school={georg august universit_t gottingen},
年份={2017},
月份={11月},
}
`````
/文件/硕士论文
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在笛卡尔空间和非冗余内部坐标(zmatrices)之间。
如果有必要,虚拟原子会自动插入和移除。
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它是一种"化学"zmatrix。
"化学"zmatrix的意思是,例如,距离沿键
或二面体的定义如化学教科书中所示
(纽曼投影)。
*实现了不同
坐标系之间转换的分析梯度。
*性能密集型函数离子/方法使用[numba](http://numba.pydata.org/)以类似fortran/c的速度实现。
*几何体可以使用符号表达式使用
[sympy](http://www.sympy.org/en/index.html)定义。
*构建在具有非常相似语法的[pandas]之上(http://pandas.pydata.org/)。.
这允许例如不同的标签或基于行的索引。
*它来自我自己的工作,我在白天大量使用它。
因此,所有函数都是围绕理论化学中的工作流程进行测试和定制的。
*这些类可以安全地继承,并且很容易实现定制。
*[它是一个python模块;)(https://xkcd.com/353/)
\installation guide
需要一个有效的python安装(2.7和>;=3.5是可能的)。
[jupyter](http://jupyter.org/)。
默认情况下,它们会随
[anaconda3安装程序(https://www.continuum.io/downloads/)一起提供
\unix
对于打包版本,必须在
终端中执行以下命令:
`````
conda install-c mcocdawc chemcoord
```
或
````
pip安装chemcoord
`````
以获得最新的开发版本(experimental):
```
git克隆https://github.com/mcocdawc/chemcoord.git
cd chemcoord
pip安装。
````
对于Unix,
通过引用Oskar Weser(2017)使用这一现成的bibtex条目,可以很容易地认识到这一事实:
````
@masterthesis{oweser2017,
author={oskar Weser},
title={an effective and general library for the definition and use of internal coordinates in large molecular systems},
school={georg august universit_t gottingen},
年份={2017},
月份={11月},
}
`````
/文件/硕士论文