细胞分割、追踪、分类为asc阴性和asc阳性细胞以及钙强度随时间变化的测量包
ca_tracker的Python项目详细描述
DZNE计算服务器的安装说明。 –在Python2.7.7版上测试- 克里斯托夫莫尔,christoph.moehl@dzne.de
- 在客户端计算机上安装x转发软件,例如http://xquartz.macosforge.org/landing/(如果尚未安装)
2.登录到一个DZNE计算服务器,例如 ssh-y compute-04.dzne.de
三。加载python模块 模块加载python
四。在主目录中安装virtualenv(如果尚未安装) 轻松安装-d/home/[用户名]/.python27–用户virtualenv
5个。创建一个项目目录和一个新的虚拟环境(这里的名称是venv-其他名称是可能的) mkdir我的项目 CD MY U项目 /主页/[用户名]/.local/bin/virtualenv venv
6.激活虚拟环境并安装python包numpy,six,pandas和scipy 源VENV/BIN/激活 pip安装numpy==1.8.1 PIP安装6 PIP安装熊猫 pip安装scipy
7号。最后安装ca_tracker pip安装ca_tracker
- 编辑文件config.json以设置分析参数
- 现在您可以运行ca_tracker_1和ca_tracker_2
您可以使用命令检查已经安装了哪些模块 PIP冻结