密码子适应指数的蟒蛇实现
CA的Python项目详细描述
python密码子的密码子适应指数
============================================================================================>
============================================================================================密码子适应指数的https://en.wikipedia.org/wiki/codon_adaptation_index>；`.
安装
----
此模块可从PYPI获得，并可使用以下命令下载：
$pip install cai
>安装最新开发版本：：
$pip install git+https://github.com/benjamin lee/codonadaptationindex.git
。_快速启动：
quickstart
——
从命令行：：
$cai-s sequence.fasta-r reference嫒sequences.fasta
0.24948128951724224
确定哪些序列用作参考集留给用户，
通过“heg-db<；http://genomes.urv.cat/heg-db/>；`是
高表达基因的伟大资源。
贡献和获得支持
请“创建拉取请求
<；https://github.com/benjamin lee/codonadaptationindex/pulls>；`。要了解更多关于如何做到这一点的信息，请参阅Github的“关于请求请求的文档”https://help.github.com/articles/about pull requests>；` `.
引文
--
Lee，B.D.（2018）。密码子改编索引的python实现。*《开放源码软件期刊》，3*（30），905。` https://doi.org/10.211105/joss.00905
<；https://doi.org/10.211105/joss.00905>；` ` ` `
` ` ` ` ` ` `
@文章{lee2018，
doi={10.211105/joss.00905}，
url={https://doi.org/10.211105/joss.00905}，
year={2018}，
url={http://doi.org/10.211105/joss.00905}，
>year=>year={2018年}，
，
2018}，<={打开的日志}，
卷={3}，
编号={30}，
页面={905}，
作者={benjamin d.lee}，
标题={python实现密码子适应索引}，
日志={journal of open source software}
}
````
联系方式：
----
我可以联系：
`benjamin嫒e@college.harvard.edu<；邮箱：benjamin嫒e@college.harvard.edu>；`.
参考文献
——
Sharp，P.M.，&Li，W.H.（1987）。密码子适应指数——一种测量定向同义密码子使用偏差的方法，及其潜在的应用。| doi image：：http://joss.theoj.org/papers/8adf6bd9fd6391d5343d15ea0b6b6525/status.svg
：目标：http://joss.theoj.org/papers/8adf6bd9fd6391d5343d15ea0b6b6525
。|文档图片：https://readthedocs.org/projects/cai/badge/？version=latest
：目标：https://cai.readthedocs.io/en/latest/？徽章=最新
：alt：文档状态
…|特拉维斯图片：https://travis-ci.org/benjamin-lee/codonadaptationindex.svg？branch=master
：目标：https://travis ci.org/benjamin lee/codonadaptationindex
…| codefactor图像：：https://www.codefactor.io/repository/github/benjamin lee/codonadaptationindex/badge/master
：目标：https://www.codefactor.io/repository/github/benjamin lee/codonadaptationindex/overview/master
| pypi图像：：https://img.shields.io/pypi/v/cai.svg
：目标：https://pypi.org/project/cai/
============================================================================================>
============================================================================================密码子适应指数的https://en.wikipedia.org/wiki/codon_adaptation_index>；`.
安装
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此模块可从PYPI获得，并可使用以下命令下载：
$pip install cai
>安装最新开发版本：：
$pip install git+https://github.com/benjamin lee/codonadaptationindex.git
。_快速启动：
quickstart
——
从命令行：：
$cai-s sequence.fasta-r reference嫒sequences.fasta
0.24948128951724224
确定哪些序列用作参考集留给用户，
通过“heg-db<；http://genomes.urv.cat/heg-db/>；`是
高表达基因的伟大资源。
贡献和获得支持
请“创建拉取请求
<；https://github.com/benjamin lee/codonadaptationindex/pulls>；`。要了解更多关于如何做到这一点的信息，请参阅Github的“关于请求请求的文档”https://help.github.com/articles/about pull requests>；` `.
引文
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Lee，B.D.（2018）。密码子改编索引的python实现。*《开放源码软件期刊》，3*（30），905。` https://doi.org/10.211105/joss.00905
<；https://doi.org/10.211105/joss.00905>；` ` ` `
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@文章{lee2018，
doi={10.211105/joss.00905}，
url={https://doi.org/10.211105/joss.00905}，
year={2018}，
url={http://doi.org/10.211105/joss.00905}，
>year=>year={2018年}，
，
2018}，<={打开的日志}，
卷={3}，
编号={30}，
页面={905}，
作者={benjamin d.lee}，
标题={python实现密码子适应索引}，
日志={journal of open source software}
}
````
联系方式：
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我可以联系：
`benjamin嫒e@college.harvard.edu<；邮箱：benjamin嫒e@college.harvard.edu>；`.
参考文献
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Sharp，P.M.，&Li，W.H.（1987）。密码子适应指数——一种测量定向同义密码子使用偏差的方法，及其潜在的应用。| doi image：：http://joss.theoj.org/papers/8adf6bd9fd6391d5343d15ea0b6b6525/status.svg
：目标：http://joss.theoj.org/papers/8adf6bd9fd6391d5343d15ea0b6b6525
。|文档图片：https://readthedocs.org/projects/cai/badge/？version=latest
：目标：https://cai.readthedocs.io/en/latest/？徽章=最新
：alt：文档状态
…|特拉维斯图片：https://travis-ci.org/benjamin-lee/codonadaptationindex.svg？branch=master
：目标：https://travis ci.org/benjamin lee/codonadaptationindex
…| codefactor图像：：https://www.codefactor.io/repository/github/benjamin lee/codonadaptationindex/badge/master
：目标：https://www.codefactor.io/repository/github/benjamin lee/codonadaptationindex/overview/master
| pypi图像：：https://img.shields.io/pypi/v/cai.svg
：目标：https://pypi.org/project/cai/
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