与xnat的rest接口交互的基本库。
bxl的Python项目详细描述
无聊的XNAT库(bxl)
bxl是一个库,用于与xnat(Extensible Neuroimaging Archive Toolkit)的rest接口交互, 一个开源的成像信息软件平台。
用法
安装
bxl位于python包索引PyPI处。
使用pip包管理系统:
pip install bxl
没有pip:
git clone https://gitlab.com/bbrc/xnat/bxl.git . cd ./bxl python setup.py install
凭证处理
类构造函数要求在实例化时传递一个credentials
参数,
- 如果是
tuple
,它将针对host
xnat实例执行基本身份验证过程。 - 如果是一个
basestring
,它将重用它作为针对host
xnat实例的身份验证的cookie。 - 否则(或者如果在上述情况下身份验证过程失败),它将保持脱机状态。
示例
使用现有的JSSESSID令牌连接到XNAT实例,并获得用户可见的XNAT项目
的列表importbxl.xnatasxlibc=xlib.Connection(hostname='http://myxnat.org',credentials='1A12346385E876546C99B4179E20986A')data=c.get_projects()projects={item['ID']:item['URI']foritemindata.values()}print(projects)c.close_jsession()
通过'with' statement连接,在“测试”项目中创建新的女性主题“dummy”
frombxlimportxnatwithxnat.Connection(hostname='http://myxnat.org',credentials=(usr,pwd))asc:response=c._put_resource(URI=c.host+'/data/projects/test/subjects/dummy',options={'gender':'female'})subject_uid=response.contentprint'New subject %s created!'%subject_uid