使用python将作业提交给lsf
bsub的Python项目详细描述
bsub
===
python wrapper将作业提交给bsub（以及以后的qsub）
----
@brentp，@brwnj
----
`` python
>；>；从bsub导入bsub
>；sub=bsub（“某些作业”，r=“rusage[mem=1]”，verbose=true）
依赖关系：
>；
>；作业id=bsub（“sleeper”，verbose=true”）（“sleep 2”）。作业id
>；bsub.poll（作业id）
>true
>
```>
我们可以模拟shell语法：对于文件作业，我们可以模拟shell语法：对于文件作业，我们可以模拟shell语法：
python
ub（“我的工作”）<；“run.sh”
````
>对于文本命令相同：
```python
“echo hello”bsub（'other-job'）
````
链接
--
myjob
我们用以下方法使之更像Python：
``python
>；j=sub（'sleep 1'）。然后（'sleep 2'）
````
，它将等待第一个作业“sleep 1”完成
，然后运行第二个作业“sleep 2”。这些可以被链接如下：
`` python
j3=j2.然后（'echo“你好”'）
j4=j3.然后（'echo“世界”'）
>j5=j4.然后（'my scripts.p'）
>``
，`.then（）`中的每个作业都要在前面的根据lsf，job
是“done（）”。
对于搁浅的bg，则bw
sample=“subject_1”
chrom_size=“chrom_size.txt”
串）
bam_to_bg=（“床具Genomecov-串%s-bg”
“-ibam%s床具分类-i->；%s”）%（符号，bam，床具）
bg_to_bw=“床具大头怪%s%s%s”%（床具，色度，大人物）
gzip bg=“gzip-f%s”%bedGraph
> 'BR/> BR/>命令行
-BR/>< BR/> >使用命令行运行具有自动指定ERR和日志文件的作业：
BR/>‘shell < BR/>回音“你好”python -M bSUB-J“冒牌”
`BR/>如果存在日志/目录，Q=“GZIP”< BR/> BR/日志将放在那里。
shell脚本将在使用后自动创建和清理。
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python wrapper将作业提交给bsub（以及以后的qsub）
----
@brentp，@brwnj
----
`` python
>；>；从bsub导入bsub
>；sub=bsub（“某些作业”，r=“rusage[mem=1]”，verbose=true）
依赖关系：
>；
>；作业id=bsub（“sleeper”，verbose=true”）（“sleep 2”）。作业id
>；bsub.poll（作业id）
>true
>
```>
我们可以模拟shell语法：对于文件作业，我们可以模拟shell语法：对于文件作业，我们可以模拟shell语法：
python
ub（“我的工作”）<；“run.sh”
````
>对于文本命令相同：
```python
“echo hello”bsub（'other-job'）
````
链接
--
myjob
我们用以下方法使之更像Python：
``python
>；j=sub（'sleep 1'）。然后（'sleep 2'）
````
，它将等待第一个作业“sleep 1”完成
，然后运行第二个作业“sleep 2”。这些可以被链接如下：
`` python
j3=j2.然后（'echo“你好”'）
j4=j3.然后（'echo“世界”'）
>j5=j4.然后（'my scripts.p'）
>``
，`.then（）`中的每个作业都要在前面的根据lsf，job
是“done（）”。
对于搁浅的bg，则bw
sample=“subject_1”
chrom_size=“chrom_size.txt”
串）
bam_to_bg=（“床具Genomecov-串%s-bg”
“-ibam%s床具分类-i->；%s”）%（符号，bam，床具）
bg_to_bw=“床具大头怪%s%s%s”%（床具，色度，大人物）
gzip bg=“gzip-f%s”%bedGraph
> 'BR/> BR/>命令行
-BR/>< BR/> >使用命令行运行具有自动指定ERR和日志文件的作业：
BR/>‘shell < BR/>回音“你好”python -M bSUB-J“冒牌”
`BR/>如果存在日志/目录，Q=“GZIP”< BR/> BR/日志将放在那里。
shell脚本将在使用后自动创建和清理。
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