鸟类夜间迁徙的生物声学监测
birdvoxdetect的Python项目详细描述
BirdVoxDetect：航班呼叫的检测与分类
BirdVoxDetect是一个预先训练过的深度学习系统，它可以从录音中检测鸣禽的飞行叫声，并检索出相应的物种。 它依靠单通道能量归一化（PCEN）和上下文自适应卷积神经网络（CA-CNN）来提高对背景噪声的鲁棒性。 它既可以作为Python库使用，也可以作为Windows、OS X和GNU/Linux的命令行工具使用。在
安装
安装BirdVoxDetect的最简单方法是使用pip包管理系统，该系统还将安装附加的所需依赖项
如果需要的话。在
pip install birdvoxdetect
请注意，birdvoxdetect需要：
- Python（3.6、3.7或3.8）
- librosa（=0.7.0）
- tensorflow（>；=2）
- scikit学习（=0.21.2）
- 鸟粪分类（0.2）
- h5py型
- 熊猫
使用
从命令行
要分析一个文件：
^{pr2}$要分析多个文件：
birdvoxdetect path/to/file1.wav path/to/file2.wav
要分析一个文件夹：
birdvoxdetect path/to/folder
在Windows上：
birdxodetect path\to\folder
可选参数：
--clip-duration CLIP_DURATION, -d CLIP_DURATION
Duration of the exported clips, expressed in seconds
(fps). The default value is 1.0, that is, one second.
We recommend values of 0.5 or above.
--export-clips, -c Export detected events as audio clips in WAV format.
--export-confidence, -C
Export the time series of model confidence values of
events in HDF5 format.
--export-faults, -f Export list of sensor faults in CSV format.
--export-logger, -l Export output of Python logger in TXT format.
--output-dir OUTPUT_DIR, -o OUTPUT_DIR
Directory to save the output file(s); The default
value is the same directory as the input file(s).
--predict-proba, -p Export output probabilities in JSON format.
--quiet, -q Print less messages on screen.
--suffix SUFFIX, -s SUFFIX
String to append to the output filenames.The default
value is the empty string.
--threshold THRESHOLD, -t THRESHOLD
Detection threshold, between 10 and 90. The default
value is 50. Greater values lead to higher precision
at the expense of a lower recall.
--verbose, -v Print timestamps of detected events.
--version, -V Print version number.
来自Python
调用语法：
import birdvoxdetect as bvd
df = bvd.process_file('path/to/file.wav')
df是一个Pandas数据帧，有三列：时间、检测置信度和物种。在
下面是测试套件的典型输出（文件路径tests/data/audio/fd79e55d-d3a3-4083-aba1-4f00b545c3d6.wav）：
Time (hh:mm:ss) Species (4-letter code) Family Order Confidence (%)
00:00:08.78 SWTH Turdidae Passeriforme 70.14839
联系人
官方网站
有关BirdVox项目的更多信息，请访问我们的网站：https://wp.nyu.edu/birdvox
BirdVoxDetect的主要开发者是法国国家科学研究中心CNRS的科学家文森特洛斯坦伦。在
讨论组
有关BirdVoxDetect的任何问题或公告，请参阅我们的讨论组： https://groups.google.com/g/birdvox
参考文献
在工作中使用BirdVoxDetect时，请引用以下论文：
Robust Sound Event Detection in Bioacoustic Sensor Networks
文森特·洛斯坦伦、贾斯汀·萨拉蒙、安德鲁·法恩斯沃思、史蒂夫·凯林和胡安·帕布罗·贝洛
公共科学图书馆一号14（10）：e0214168，2019年。DOI:https://doi.org/10.1371/journal.pone.0214168
从v0.4开始，BirdVoxDetect中的物种分类依赖于分类神经网络（TaxoNet），它作为birdvoxclassification包的一部分分发。有关TaxoNet的详细信息，请参阅：
Chirping up the Right Tree: Incorporating Biological Taxonomies into Deep Bioacoustic Classifiers
Jason Cramer、Vincent Lostanlen、Andrew Farnsworth、Justin Salamon和Juan Pablo Bello
IEEE声学、语音和信号处理国际会议（ICASSP），西班牙巴塞罗那，2020年5月。在
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