包装好的生化衣柜的CWL文件
biowardrobe-cwl-workflows的Python项目详细描述
工作流
BioWardrobe项目的cwl工作流。这个包包括 所有原始生物衣柜的管道，简化了进口 用于生物衣柜气流分析。它还包括新项目SCIDAP的额外管道。
安装
pip3 install biowardrobe-cwl-workflows
或来源
git clone https://github.com/datirium/workflows pip3 install .
用法
frombiowardrobe_cwl_workflowsimportavailable_path_to_workflow=available(workflow='chipseq-se.cwl')
CWL中的附加功能
元数据和上游
'sd:metadata':-"../metadata/chipseq-header.cwl"'sd:upstream':genome_indices:"genome-indices.cwl"control_file:"chipseq-se.cwl"
为了使用工作流不需要的额外输入字段来扩展用户界面（动态表单），引入了'sd:metadata'字段。它定义了一个工作流列表，其中inputs字段仅用于构造和存储输入对象。
为了简化已分析的常用数据的选择，引入了’sd:upstream’。它定义流程的上游工作流。当上游输出数据可用时，进程准备运行。
用户界面额外输入字段示例：
cwlVersion:v1.0class:Workflowinputs:cells:type:stringlabel:"Cells"sd:preview:position:1conditions:type:stringlabel:"Conditions"sd:preview:position:3alias:type:stringlabel:"Experimentshortname/Alias"sd:preview:position:2catalog:type:string?label:"Catalog#"description:type:string?'sd:type':'text'label:"Description"outputs:[]steps:[]
输出数据的CWL VisualPlugins
outputs:...fastx_statistics:type:Filelabel:"FASTQstatistics"format:"http://edamontology.org/format_2330"doc:"fastx_quality_statsgeneratedFASTQfilequalitystatisticsfile"outputSource:fastx_quality_stats/statistics_file'sd:visualPlugins':-line:Title:'Basefrequencyplot'xAxisTitle:'Nucleotideposition'yAxisTitle:'Frequency'colors:["#b3de69","#99c0db","#fb8072","#fdc381","#888888"]data:[$12,$13,$14,$15,$16]...
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