scapeet是一个用于代谢模型重建、管理和验证的工具箱。
biopantograph的Python项目详细描述
| Author: | Nicolas Loira |
|---|---|
| Date: | 2016-04 |
biopantograph是一个python模块和程序的集合，用于重建、管理和验证代谢模型。它读写SBML文件。
安装
建议的安装方法是：
pip install biopantograph
受电弓需要libsbml，但pip将满足该要求。如果您没有在系统级安装的权限，请尝试：pip install biopantograph --user。您还可以从BitBucket repository克隆和贡献。
工具
您需要知道的基本脚本是pantograph，它将帮助您为目标物种重建代谢模型。{TT4}$作为现有的SBML模型作为模板，模板和目标基因之间的正交数据（来自{A3}和/或OrthoMCL）和其他可选数据作为输入。按如下方式调用pantograph：
$ pantograph -x scaffold.xml -i inparanoid.data -m orthomcl.data -s org1 -t org2 -o out.xml -l out.log<^ >其中{TT7}$是现有的、精心策划的SBML代谢模型，用作重建的模板； inparanoid.data是inparanoid的输出，比较模板和重构模型的基因； orthomcl.data是OrthoMCL的输出（其中org1是模板模型ID，org2是重构模型ID）； out.xml是sbml重建模型，out.log是重建日志。您可以使用两种正交方法（inparanoid或orthomcl）中的任何一种重建模型，尽管使用这两种方法都可以获得更好的结果。
biopantograph包包含许多其他工具，这些工具对您的重建非常有用。使用参数--help尝试它们以获取使用信息。
| Tool | Description |
|---|---|
| pantograph | Create a new model, from a template model and orthology files |
| ptg_addbiggreactions | Add reactions from a list of BiGG ids, to a model |
| ptg_projector | Create a new model, using an existing one as template |
| ptg_curateSBML | Add new species/reactions to a model, from a CSV |
| ptg_inparanoid2rel | Parses Inparanoid output for ptg_projector |
| ptg_omcl2rel | Parses OrthoMCL output for ptg_projector |
提供的模块可用于开发您自己的应用程序：
| Module | Description |
|---|---|
| pathtastictools | Algorithms to reconstruct metabolic models from a template |
| SBMLeditor | High-level modifications to SBML models |
| BiGG | Module to handle calls to the BiGG Web API |
| BiGG2SBML | Add elements from BiGG API to a SBML file |
| SBMLutils | High-level utilities |
biopantograph已经在linux和os x下进行了测试。有关更多信息，请访问受电弓官方网站：http://pathtastic.gforge.inria.fr。很快就会有更多的文档！
参考
如果您使用受电弓进行自己的改造，请引用：
Nicolas Loira, Anna Zhukova and David J Sherman. Pantograph: A template-based method for genome-scale metabolic model reconstruction. J Bioinform Comput Biol, 13(2): 1550006, 2015. DOI: 10.1142/S0219720015500067
如有任何问题，请联系：nicolas loiranloira@gmail.com
许可证
这个项目是开源的，可以在GLP v2 license下免费获得。
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