生物知识图嵌入的训练与评估包
biokeen的Python项目详细描述
BioKeen构建覆盖文档Zenodo
BioKeen（生物知识嵌入）是一个用于培训和评估生物知识图的包
嵌入是在"PyKeen<；https://github.com/smartdataanalytics/PyKeen>；上构建的。/>由于我们使用PyKeen作为底层软件包，因此10个知识图嵌入模型的实现目前可用于BioKeen。此外，BioKeen可以在*培训模式*中运行，用户可以提供自己的超参数值集
，也可以在*超参数优化模式*中运行，以便从用户定义值集
中找到合适的超参数值。
//github.com/bio2bel>；``软件许多生物医学数据库都可以在biokeen中直接访问。
biokeen也可以在没有编程经验的情况下运行，使用其交互式命令行界面，可以从终端的命令"biokeen"启动.
（2015年）
-所有可再次访问的数据库
共享您的实验工件
--------
您可以通过"Keen Model Zoo<；https://github.com/smartdataanalytics/Keen Model Zoo>；"与其他实验工件共享您训练过的KGE模型。/>
教程
----
关于如何开始使用BioKeen的简要教程，请访问"here<；https://vimeo.com/314252656>；"`.
图片：：https://i.vimeocdn.com/video/755767182.jpg？mw=1100&mh=619&q=70
：宽度：300px
：目标：https://vimeo.com/314252656
……| br raw：：html
<；br/>>；
&br更多教程可以在"笔记本目录"和"文档"中找到，https://github.com/smartdataanalytics/biokeen/tree/master/notebooks>；``uhttps://biokeen.readthedocs.io/en/latest/>；`uu.
引文
--——
如果您发现BioKeen对您的工作有用，请考虑引用：
…[1]Ali，M.，*等人*（2019年）。` BioKeen：用于学习和评估生物知识图嵌入的库
<；https://academic.oup.com/bioinformatics/advance article/doi/10.1093/bioinformatics/btz117/5320556>；`。*生物信息学*，btz117.
**注**：compath已经更新，因此我们上传了用于
我们实验的数据集版本：`dataset<；https://github.com/smartdataanalytics/keen model zoo/blob/master/bioinformatics/compath/compath.keen.tsv>；`\br/>
installation pypi_version python_versions pypi_license
要安装biokeen，需要python 3.6+，建议在Linux或Mac OS系统上安装。
请运行以下命令：
。代码块：：sh
$pip install git+https://github.com/smartdataanalytics/biokeen.git
或者，可以从源代码安装，以便使用：
。代码块：sh
$git clone https://github.com/smartdataanalytics/biokeen.git biokeen
$cd biokeen
$pip install-e.
contribution
----
无论是提交问题、发出请求还是分叉，我们都非常感谢您的贡献。
ting.rst<；https://github.com/smartdataanalytics/biokeen/blob/master/contribution.rst>；``有关参与的更多信息，
cli用法
--
要显示biokeen的可用命令，请运行以下命令：
。代码块：：sh
>启动培训/hpo管道-在60秒内设置您的实验
**************************************************************
通过cli，请运行以下命令：
…代码块：：sh
要使用现有配置文件启动biokeen，请运行以下命令：
…代码块：：sh
biokeen start-f/path/to/config.json
代码块：：sh
biokeen predict-m/path/to/model/directory-d/path/to/data/directory
其中参数**-m**的值是包含模型的目录，更详细地说，目录中必须包含以下文件：
*configuration.json
*enti将u绑定到u embeddings.json
*关系到u embeddings.json
*训练有素的u model.pkl
这些文件是在对模型进行培训（和评估）并导出到指定的输出目录后自动创建的。
g应应用推断的数据，它需要包含以下文件：
*entities.tsv
*relations.tsv
，其中*entities.tsv*包含所有感兴趣的实体，relations.tsv包含所有关系。两个文件都应该包含
应该包含包含所有实体/关系的单个列。基于这些文件，PyKeen将创建所有
三重排列，并计算它们的预测，并将它们保存在数据目录
中的*predictions.tsv*
汇总所有实验的结果实验，请运行以下命令：
…代码块：：sh
biokeen summary-d/path/to/experiments/directory-o/path/to/output/file.csv
getting bio2bel data
*****************
若要从"bio2bel<；https://github.com/bio2bel>；"存储库下载并构造数据，请运行：
。代码块：sh
biokeen data get<；name>；
，其中`<；name>；``可以是bio2bel中的任何存储库名称，例如``hippie`，``mirtarbase`。
|构建图像：：https://travis-ci.org/smartdataanalytics/biokeen.svg？branch=master
：目标：https://travis ci.org/smartdataanalytics/biokeen
…| Zenodo图像：：https://zenodo.org/badge/150270965.svg
：目标：https://zenodo.org/badge/latestdoi/150270965
|文档图片：http://readthedocs.org/projects/biokeen/badge/？version=latest
：target:https://biokeen.readthedocs.io/en/latest/
：alt:documentation status
。| python_u versions image：：https://img.shields.io/pypi/pyversions/biokeen.svg
：alt:稳定支持的python版本
…| pypi版本图像：：https://img.shields.io/pypi/v/biokeen.svg
：alt:pypi上的当前版本
…| pypi_u license图像：：https://img.shields.io/pypi/l/biokeen.svg
：alt:mit许可证
…|覆盖率图像：：https://codecov.io/gh/smartdataanalytics/biokeen/branch/master/graphs/badge.svg
：目标：https://codecov.io/gh/smartdataanalytics/biokeen
：alt:codecov上的覆盖率状态
BioKeen（生物知识嵌入）是一个用于培训和评估生物知识图的包
嵌入是在"PyKeen<；https://github.com/smartdataanalytics/PyKeen>；上构建的。/>由于我们使用PyKeen作为底层软件包，因此10个知识图嵌入模型的实现目前可用于BioKeen。此外，BioKeen可以在*培训模式*中运行，用户可以提供自己的超参数值集
，也可以在*超参数优化模式*中运行，以便从用户定义值集
中找到合适的超参数值。
//github.com/bio2bel>；``软件许多生物医学数据库都可以在biokeen中直接访问。
biokeen也可以在没有编程经验的情况下运行，使用其交互式命令行界面，可以从终端的命令"biokeen"启动.
（2015年）
-所有可再次访问的数据库
共享您的实验工件
--------
您可以通过"Keen Model Zoo<；https://github.com/smartdataanalytics/Keen Model Zoo>；"与其他实验工件共享您训练过的KGE模型。/>
教程
----
关于如何开始使用BioKeen的简要教程，请访问"here<；https://vimeo.com/314252656>；"`.
图片：：https://i.vimeocdn.com/video/755767182.jpg？mw=1100&mh=619&q=70
：宽度：300px
：目标：https://vimeo.com/314252656
……| br raw：：html
<；br/>>；
&br更多教程可以在"笔记本目录"和"文档"中找到，https://github.com/smartdataanalytics/biokeen/tree/master/notebooks>；``uhttps://biokeen.readthedocs.io/en/latest/>；`uu.
引文
--——
如果您发现BioKeen对您的工作有用，请考虑引用：
…[1]Ali，M.，*等人*（2019年）。` BioKeen：用于学习和评估生物知识图嵌入的库
<；https://academic.oup.com/bioinformatics/advance article/doi/10.1093/bioinformatics/btz117/5320556>；`。*生物信息学*，btz117.
**注**：compath已经更新，因此我们上传了用于
我们实验的数据集版本：`dataset<；https://github.com/smartdataanalytics/keen model zoo/blob/master/bioinformatics/compath/compath.keen.tsv>；`\br/>
installation pypi_version python_versions pypi_license
要安装biokeen，需要python 3.6+，建议在Linux或Mac OS系统上安装。
请运行以下命令：
。代码块：：sh
$pip install git+https://github.com/smartdataanalytics/biokeen.git
或者，可以从源代码安装，以便使用：
。代码块：sh
$git clone https://github.com/smartdataanalytics/biokeen.git biokeen
$cd biokeen
$pip install-e.
contribution
----
无论是提交问题、发出请求还是分叉，我们都非常感谢您的贡献。
ting.rst<；https://github.com/smartdataanalytics/biokeen/blob/master/contribution.rst>；``有关参与的更多信息，
cli用法
--
要显示biokeen的可用命令，请运行以下命令：
。代码块：：sh
>启动培训/hpo管道-在60秒内设置您的实验
**************************************************************
通过cli，请运行以下命令：
…代码块：：sh
要使用现有配置文件启动biokeen，请运行以下命令：
…代码块：：sh
biokeen start-f/path/to/config.json
代码块：：sh
biokeen predict-m/path/to/model/directory-d/path/to/data/directory
其中参数**-m**的值是包含模型的目录，更详细地说，目录中必须包含以下文件：
*configuration.json
*enti将u绑定到u embeddings.json
*关系到u embeddings.json
*训练有素的u model.pkl
这些文件是在对模型进行培训（和评估）并导出到指定的输出目录后自动创建的。
g应应用推断的数据，它需要包含以下文件：
*entities.tsv
*relations.tsv
，其中*entities.tsv*包含所有感兴趣的实体，relations.tsv包含所有关系。两个文件都应该包含
应该包含包含所有实体/关系的单个列。基于这些文件，PyKeen将创建所有
三重排列，并计算它们的预测，并将它们保存在数据目录
中的*predictions.tsv*
汇总所有实验的结果实验，请运行以下命令：
…代码块：：sh
biokeen summary-d/path/to/experiments/directory-o/path/to/output/file.csv
getting bio2bel data
*****************
若要从"bio2bel<；https://github.com/bio2bel>；"存储库下载并构造数据，请运行：
。代码块：sh
biokeen data get<；name>；
，其中`<；name>；``可以是bio2bel中的任何存储库名称，例如``hippie`，``mirtarbase`。
|构建图像：：https://travis-ci.org/smartdataanalytics/biokeen.svg？branch=master
：目标：https://travis ci.org/smartdataanalytics/biokeen
…| Zenodo图像：：https://zenodo.org/badge/150270965.svg
：目标：https://zenodo.org/badge/latestdoi/150270965
|文档图片：http://readthedocs.org/projects/biokeen/badge/？version=latest
：target:https://biokeen.readthedocs.io/en/latest/
：alt:documentation status
。| python_u versions image：：https://img.shields.io/pypi/pyversions/biokeen.svg
：alt:稳定支持的python版本
…| pypi版本图像：：https://img.shields.io/pypi/v/biokeen.svg
：alt:pypi上的当前版本
…| pypi_u license图像：：https://img.shields.io/pypi/l/biokeen.svg
：alt:mit许可证
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：目标：https://codecov.io/gh/smartdataanalytics/biokeen
：alt:codecov上的覆盖率状态
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