生物信息学格式转换

bioconvert的Python项目详细描述


bioconvert是一个协作项目,旨在促进生命科学数据从一种格式相互转换。

https://badge.fury.io/py/bioconvert.svghttps://secure.travis-ci.org/bioconvert/bioconvert.pnghttps://coveralls.io/repos/github/bioconvert/bioconvert/badge.svg?branch=masterDocumentation Statushttps://img.shields.io/github/issues/bioconvert/bioconvert.svghttps://www.singularity-hub.org/static/img/hosted-singularity--hub-%23e32929.svghttps://anaconda.org/bioconda/bioconvert/badges/platforms.svghttps://anaconda.org/bioconda/bioconvert/badges/installer/conda.svg
contributions:Want to add a convertor ? Please join https://github.com/bioconvert/bioconvert/issues/1
issues:Please use https://github.com/bioconvert/bioconvert/issues

安装

为了安装bioconvert,您可以使用pip

pip install bioconvert

我们还提供关于Bioconda(http://bioconda.github.io/)的版本:

conda install bioconvert

奇点容器可用。见 http://bioconvert.readthedocs.io/en/master/user_guide.html#installation用于 细节。

用法

bioconvert fastq2fasta input.fastq output.fasta
bioconvert gz2dsrc input.fq.gz output.dsrc2
bioconvert bam2bed input.bam output.bed
bioconvert --help

可用转换器

https://raw.githubusercontent.com/bioconvert/bioconvert/master/doc/conversion.png

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

推荐PyPI第三方库


热门话题
java如何在部署在Tomcat7上的jbpmconsole中添加新用户?   JavaStruts2:我分配了一个参数的值,但在jsp文件中得到了一个空指针错误   检查类是否在同一个包或子包中访问的java ArchUnit规则?   java当您使用spring forward重定向到其他控制器时,如何从ModelAndView返回响应对象?   java jsp/servlet,显示管理员、用户和未登录用户的不同链接   java Eclipse警告消息   java加载多纹理openGL   java有没有一种方法可以通过Hibernate传递一个对象(genaric)并填充任何字段,然后让它返回一个包含所有字段的对象列表?   java如何将git存储url连接到本地存储库,以便每次都获得更新的代码?   java无限循环在程序中无法正常工作   java File writer正在写入没有“换行”的字符串   java为什么Spring或C3p0没有清理C3p0线程?   java通过JDBC从PostgreSQL检索几何数组