生物信息学格式转换
bioconvert的Python项目详细描述
bioconvert是一个协作项目,旨在促进生命科学数据从一种格式相互转换。
contributions: | Want to add a convertor ? Please join https://github.com/bioconvert/bioconvert/issues/1 |
---|---|
issues: | Please use https://github.com/bioconvert/bioconvert/issues |
安装
为了安装bioconvert,您可以使用pip:
pip install bioconvert
我们还提供关于Bioconda(http://bioconda.github.io/)的版本:
conda install bioconvert
奇点容器可用。见 http://bioconvert.readthedocs.io/en/master/user_guide.html#installation用于 细节。
用法
bioconvert fastq2fasta input.fastq output.fasta bioconvert gz2dsrc input.fq.gz output.dsrc2 bioconvert bam2bed input.bam output.bed bioconvert --help