共识多重对齐（CMA）文件格式的I/O和实用程序。
biocma的Python项目详细描述
一致多对齐格式，使用Biopython对齐。
一致性对齐格式（CMA）的I/O支持和相关功能。 此格式表示蛋白质序列比对。它被一些工具使用 安德鲁·诺瓦德博士，尤其是CHAIN和MAPGAPS。
在可能的情况下使用biopython对象和约定。
安装
这是一个普通的python包。您可以使用 setup.py脚本：
python setup.py build python setup.py install
稳定的版本也会上传到pypi，这样你就可以用 python包管理器：
pip install biofrills
或：
easy_install biofrills
我发现一些有用的脚本位于scripts/目录中。默认情况下，这些 未安装，但可以通过取消对setup.py中的行的注释来包含它们。 从scripts=glob…
开始或者，您可以将这些脚本复制到 $PATH。
CMA格式对我有什么帮助？
- 像A2M和斯德哥尔摩的格式一样，对齐显示为 小写字符和删除是破折号
- 与A3M格式一样，路线是成对的，而不是一个轮廓（或“一致性”）。 序列），它还指示哪些站点是indel。通过压缩 插入列，许多发散（但相关）序列的大量对齐 不需要填充就可以显示出来，就像斯德哥尔摩那样，大部分都是空白字符。
- 像斯德哥尔摩，但不像A2M和A3M，不止一条线路可以 包含在单个文件中。
- 通常，未加修饰的共识序列将作为第一个 序列。
- 类似fasta的头包含额外的可选字段，用于 领先和落后的网站和nbci分类代码
谁使用CMA？
CMA格式似乎是由 马里兰大学，用于这些项目：
我应该在自己的工作中使用cma吗？
除非您使用的是MapGaps或Chain，否则不行。
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