一种生成核苷酸组成匹配的DNA序列的工具

biasawa的Python项目详细描述


比亚萨韦

a tool to generate composition-matched background sequence sets
https://travis-ci.org/asntech/biasaway.svg?branch=masterhttps://img.shields.io/pypi/pyversions/biasaway.svghttps://img.shields.io/pypi/v/biasaway.svghttps://anaconda.org/bioconda/biasaway/badges/version.svghttps://anaconda.org/bioconda/biasaway/badges/downloads.svghttps://anaconda.org/bioconda/biasaway/badges/installer/conda.svghttps://img.shields.io/github/issues/asntech/biasaway.svg

文档

有不同格式的详细文档:HTML| PDF| ePUB

安装

使用conda进行快速安装

BiasAway可在Bioconda上通过conda进行安装。在

conda install -c bioconda biasaway

使用pip安装

BiasAway也可以在PyPi上通过pip进行安装。在

^{pr2}$

BiasAway是用Python和Python包biopythonnumpy开发的。pip和{tt1}$都将安装这些依赖项,您可以使用BiasAway了。它使用Python版本3.43.53.63.7进行测试。在

从源安装BiasAway

您可以使用gitfrom bitbucket安装开发版本。在

Bitbucket安装开发版本

如果您安装了git,请使用以下命令:

git clone https://bitbucket.org/CBGR/biasaway.git
cd biasaway
python setup.py sdist install

如何使用BiasAway

安装biasaway后,可以键入:

biasaway --help

{{tt14},这四个{tt14},这将显示^/tt15子命令^/12。在

usage: biasaway <subcommand> [options]

        positional arguments <subcommand>: {k,w,g,c}

        List of subcommands
        k       k-mer shuffling generator
        w       k-mer shuffling within a sliding window generator
        g       %GC distribution-based background chooser
        c       GC distribution and %GC composition within a sliding window background chooser

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -v, --version         show program's version number and exit

要查看六个子命令kwgc类型的帮助:

biasaway k --help

biasaway w --help

biasaway g --help

biasaway c --help

交互式web服务器

BiasAway web服务器在:http://biasaway.uio.no免费提供

支持

{21$或程序中发现任何问题,请在

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

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