操作bed文件的简单库和cli工具
bedparse的Python项目详细描述
bedparse
bedparse是一个简单的python模块和cli工具，用于对bed文件执行常见操作。
它提供11个子命令，实现以下功能：
filter：基于注释筛选转录本join：基于文本名的注释文件的连接gtf2bed：从gtf格式转换为bed格式convertChr：从ucsc到ensembl染色体名称的转换（和viceversa）bed12tobed6：从12床到6床的转换promoter：启动子报告introns：介绍报告cds：cds报告3pUTR和5pUTR：utr报告validateFormat：检查文件是否符合bed格式
安装
安装非常简单：
pip install bedparse
基本用法
格式为：bedparse subcommand [parameters]的基本语法。
要获得所有子命令的列表和它们的功能的简要说明，请使用：bedparse --help。
有关每个子命令及其参数列表的详细说明，请在子命令名称后使用--help选项，例如：bedparse promoter --help
文档
我们的文档位于Read the Docs。
我们还有一个简短的tutorial来指导您完成基本功能。
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