大分子络合物具体描述工具包
bcforms的Python项目详细描述
BcForms:具体描述大分子络合物的工具包
BcForms是一个用于具体描述分子 大分子配合物的结构(原子和键),包括 非规范单体形式、圆形拓扑和交联。
BcForms包含五个工具:*一个具体的 描述的亚基组成和链间交联 生物复合物。见 documentation了解更多 信息。例如,以下文本表示同二聚体 在第一单体和第一单体之间有二硫键的络合物 亚单位和第二亚单位中的第一单体。 complex: 2 * sub_c | x-link: [ l-bond-atom:sub_c(1)-1S11 | l-displaced-atom:sub_c(1)-1H11 | r-bond-atom:sub_c(2)-1S11 | r-displaced-atom:sub_c(2)-1H11 ]
This concrete representation enables the `BcForms` software tools to calculate properties of biocomplexes when the subunits are concretely defined.
- 计算生物复合物性质的工具,包括 结构,化学式,分子量和电荷。
- 一个网络应用程序:https://bcforms.org
- json rest api:https://bcforms.org/api
- 命令行界面。见 documentation 更多信息。
- 一个python api。见 documentation 更多信息。
安装
- 安装依赖项
- Open Babel
- Pip>;=19.0
- Python>;=3.6
- 安装pypi的最新版本pip install bcforms.git[all]
- 安装github的最新版本 pip install git+https://github.com/KarrLab/bcforms.git#egg=bcforms[all]
文件
许可证
该包在MIT license下发布。
问题和评论
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