Arcana中的脑成像分析(香蕉):在Arcana框架中实现的脑成像分析工作流(arcana.readthedocs.io)
banana的Python项目详细描述
arcana(banana)的脑成像分析:一组脑成像分析 在Arcana框架中实现的工作流,可用于分析 研究存储在XNAT、BIDS或普通目录存储库中的数据集。
安装
香蕉及其依赖项可以通过以下命令从pypi安装:
$ pip3 install banana
管道
根据需要运行的管道,可能需要安装一些或 以下所有工具。注意mrtrix3和dcm2nix用于隐式 因此通常需要进行格式转换。
- mrtrix3(https://github.com/MRtrix3/mrtrix3)
- dcm2nix(https://github.com/rordenlab/dcm2niix)
- fsl(https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/)
- Matlab(https://au.mathworks.com/products/matlab.html)
- SPM(http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/software/spm12/)
- 蚂蚁(https://sourceforge.net/projects/advants/)
- 自由曲面(https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu)
- AFNI(https://afni.nimh.nih.gov)