atooms-pp 2.0.0

快速启动

安装很容易（有关更多信息，请参见Installation 详细信息）

pip install atooms-pp

我们现在可以从 粒子模拟代码。atooms可识别的任何轨迹格式 可以处理，例如大多数“xyz”文件应该可以正常工作。

作为一个例子，我们计算了轨道的结构因子s（k） 文件trajectory.xyz包含在data/目录中。

https://www.coulomb.univ-montp2.fr/perso/daniele.coslovich/anim.gif

在上面的例子中，我们使用了20%的可用时间框架来 使用--norigins标志计算平均值。没有它， atooms pp应用试探法来确定时间帧的数量。 要求达到合理的数据质量。

计算结果存储在 data/trajectory.xyz.pp.sk。如果系统是不同 粒子类型，比如A和B，程序将创建额外的 部分相关文件，名为trajectory.xyz.pp.sk.A-A， trajectory.xyz.pp.sk.B-B和trajectory.xyz.pp.sk.A-B。

同样的计算也可以在python中完成：

fromatooms.trajectoryimportTrajectoryimportatooms.postprocessingasppwithTrajectory('data/trajectory.xyz')ast:p=pp.StructureFactor(t)p.do()

签出 tutorial 和 notebook 更多细节。

要求

• numpy
• atooms
• [可选][参数]（https://pypi.org/project/argh/）（仅在以下情况下需要 使用pp.py）
• [可选][tqdm]（https://pypi.org/project/tqdm/）（启用进度 棒）
• [可选][argcomplete]（https://pypi.org/project/argcomplete/） （为pp.py启用制表符完成功能）

安装

如果无法在系统范围内安装软件包，则仍可以安装 在用户空间中。来自PYPI

pip install --user atooms-pp

或克隆项目回购

git clone https://gitlab.info-ufr.univ-montp2.fr/atooms/postprocessing.git
cd postprocessing
make user

上面的命令将在~/.local/bin下安装pp.py。制造 确保这个文件夹在您的$PATH中。要在系统范围内安装， sudo make install。