原子模拟环境

ase的Python项目详细描述


ASE是一组工具和Python模块,用于设置、操作, 运行、可视化和分析原子模拟。

网页:http://wiki.fysik.dtu.dk/ase

要求

  • Python3.5或更高版本
  • NumPy(基n维数组包)
  • SciPy(科学计算图书馆)

可选:

  • 对于ASE的图形用户界面:Matplotlib(二维绘图)
  • Tkinter(用于ase.gui)
  • 烧瓶(用于ase.db web界面)

安装

~/ase添加到$pythonpath环境变量并添加 ~/ase/bin到$path(假设~/ase是ASE文件夹所在的位置)。

测试

请运行测试:

$ ase test  # takes 1 min.

如果测试失败,请将输出发送给我们。

联系人

请给我们发送错误报告,补丁,代码,想法和问题。

示例

用nwchem优化氢分子的几何结构

>>> from ase import Atoms
>>> from ase.optimize import BFGS
>>> from ase.calculators.nwchem import NWChem
>>> from ase.io import write
>>> h2 = Atoms('H2',
               positions=[[0, 0, 0],
                          [0, 0, 0.7]])
>>> h2.calc = NWChem(xc='PBE')
>>> opt = BFGS(h2, trajectory='h2.traj')
>>> opt.run(fmax=0.02)
BFGS:   0  19:10:49    -31.435229     2.2691
BFGS:   1  19:10:50    -31.490773     0.3740
BFGS:   2  19:10:50    -31.492791     0.0630
BFGS:   3  19:10:51    -31.492848     0.0023
>>> write('H2.xyz', h2)
>>> h2.get_potential_energy()  # ASE's units are eV and Ang
-31.492847800329216

此示例要求安装nwchem。

$ ase gui h2.traj

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