anndata2ri 1.0.5

安装

pip install anndata2ri
# or
conda install -c bioconda anndata2ri

故障排除

如果在安装或导入anndata2ri时遇到问题， 请确保您首先：

1. 检查堆栈跟踪： 如果在安装或导入诸如rpy2之类的依赖项时发生错误， 在那个项目的bug跟踪器中报告你的问题。在
2. 搜索issues。 在撰写本文时，29个错误中有17个（60%）无效或rpy2错误/安装问题。在
3. 确保你有一个兼容的R版本：rpy2要求R≥3.6。在

Python的用法

或者手动使用转换器

…或全局激活：

importanndata2rifromrpy2.robjectsimportranndata2ri.activate()adata=r('as(some_data, "SingleCellExperiment")')

Jupyter的用法

在加载扩展之前激活转换：

importanndata2rianndata2ri.activate()%load_extrpy2.ipython

现在你可以把对象从Python移到R

importscanpy.datasetsasscdadata_paul=scd.paul15()

%%R-iadata_pauladata_paul# class: SingleCellExperiment ...

…和背面：

%%R-oadata_allendata(allen,package='scRNAseq')adata_allen<-as(allen,'SingleCellExperiment')

print(adata_allen)# AnnData object with ...