这是一个库,用于评估氨基酸序列并确定每个α-螺旋或β-片的两亲指数。

amphipathic的Python项目详细描述


双性恋[许可证](https://img.shields.io/pypi/l/amphipathic.svg)(https://raw.githubusercontent.com/ecolell/amphipathic/master/license)[![下载](https://img.shields.io/pypi/dm/amphipathic.svg)(https://pypi.python.org/pypi/amphipathic/)[![构建状态](https://travis-ci.org/ecolell/amphipathic.svg?branch=master)(https://travis-ci.org/ecolell/amphipathic)[![覆盖状态](https://coveralls.io/repos/ecolell/amphipathic/badge.png)(https://coveralls.io/r/ecolell/amphipathic)[![代码运行状况](https://landscape.io/github/ecolell/amphipathic/master/landscape.png)(https://landscape.io/github/ecolell/amphipathic/master)[![PYPI版本](https://badge.fury.io/py/amphipathic.svg)(http://badge.fury.io/py/amphipathic)

需要执行:

$pip install-amphipathic



如果要与此库协作,应下载[github存储库](https://github.com/ecolell/amphipathic)并执行:


$make deploy



testing
----


以测试应使用命令的所有项目:


$进行测试



示例
----


此库可以分析氨基酸序列,并提供具有相应索引的二级结构列表:

``python
import-amphipathic
resume=amphipathic.index('nlyiqwlkdggpssgrps')
print resume
````

比利时:



```python
[
{br/>{'end':2,
‘begin’:0,
‘type’:u'c,
‘seq’:'nl,
‘begin’:0,
‘type’:0,
‘type’:u'c,
‘type’:u'c’,
‘bey’:0,
‘bey’:0.57579393939393532105321054872e-05,‘mean’:2.6},
{‘end’:5,
{‘end{‘end’:5,
‘begin‘begin/>双亲性:{索引:1.4312912272216411,'mean':1.7299999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999998},
{{'end':18,
'begin':5,
'type':u'c,
'seq':'wlkdggggpssgsgsgsgsgsgsgsgsrpp,
'be''type''wlkdggggpssgsgsgsgsgsgsgsgsgsgsgs':{'index':0.00251515115615615615609979797939331271,'mean':-0.43},

{'end'end''end':20,
'begin''begin
“两亲性”:{“指数”:1.6242872515167746,“平均值”:-1.34}
]]
````


>
>
也接受一个核苷酸序列进行相同的分析:


```Python
进口两栖动物
resume=两栖动物。index('cgcgttctctcttggagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagamambipaatatgaatgaatgaatgaatgaatgaatgaatgaatgaatgaatgaatgaatgaatgaatagapapatagatagagap
“开始”:0,
‘类型’:U'C’,
‘Seq’:‘rvlgamqqfkkfkTkn’,
‘两亲性’:{‘索引’:0.007560225956225585,‘平均值’:0.7825000000000001},
{‘结束’:15,
‘开始’:15,
‘开始’:12,
‘类型’:U'E’,
‘Seq’:‘Rie’,
‘两亲性’:{‘索引’:1.62979783838376707070649824,
‘Seq’:‘Seq’:‘rie’,
‘Seq’,
‘Seq’:‘两亲性’:‘索引’:1},
{结束:16,
开始:15,
“类型”:u'c,
“顺序”:“p”,
“两亲性”:{“索引”:0.0,“平均值”:-2.23}
]
`````

当使用氨基酸时,它会检测到“*”字符作为停止信号:

``python
import-amphipathic
resume=amphipathic.index('nlyiqwlkdg*gpssgrpps')
print resume
````



——


如果您想与我们一起开发或对此库有疑问,请在此存储库中提交问题,以便某些项目经理可以与您联系。请检查现有的(和关闭的)问题,以确保您的问题尚未得到解决。

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