表示生物分子结构的简单框架。
AMPAL的Python项目详细描述
振幅
一个简单，直观和Python的框架，用于表示生物分子结构。
安装
您可以从pip安装ampal:
pip install ampal
或从源代码下载/克隆此存储库，导航到该文件夹 然后输入：
pip install .
ampal使用cython，所以如果您是从源代码安装的，请确保您拥有它 安装。
超级快速启动
将pdb文件加载到ampal:
my_structure=ampal.load_pdb('3qy1.pdb')print(my_structure)# OUT: <Assembly (3qy1) containing 2 Polypeptides, 449 Ligands>
以直观的方式选择结构区域：
my_atom=my_structure['A']['56']['CA']print(my_structure['A']['56']['CA'])# OUT: <Carbon Atom (CA). Coordinates: (6.102, -4.287, -29.607)>
然后一路爬升回到等级结构：
print(my_atom.parent)# OUT: <Residue containing 9 Atoms. Residue code: GLU>print(my_atom.parent.parent)# OUT: <Polypeptide containing 215 Residues. Sequence: DIDTLISNNALW...>print(my_atom.parent.parent.parent)# OUT: <Assembly (3qy1) containing 2 Polypeptides, 449 Ligands>
这只是一个简单的介绍，里面有很多工具 复杂的选择和执行分析。看看 docs了解更多信息。
发行说明
1.4.0版
- 将
get_ss_regions添加到ampal.dssp。此函数可用于 从一个特定的二级结构中提取蛋白质的所有区域。 - 用dssp
ss_region标记修复了错误。过去常常忽略末端残基。
1.3.0版
- 为naccess添加接口。用于使用naccess计算的函数 溶剂可及性。
v1.2.0
- 为dssp添加接口。如果您的计算机上有dssp，并且
mkdssp命令在您的路径上可用，您可以使用ampal.tag_dssp_data函数将二级结构信息添加到 你体内的残留物。 - 添加
ampal.align模块。包含一个用于对齐两个Polypeptides使用mmc。最简单的接口是align_backbones功能。- 这是目前超低效的，将重新实施。
v1.1.0
- 将质心属性添加到余数。
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